东晋末年，天下大乱，内有腐朽的门阀士族争权夺利，外有北方胡族虎视眈眈。在这片风雨飘摇的土地上，一场震撼朝野的农民起义 —— 孙恩卢循起义，如汹涌的浪潮般席卷而来，给东晋政权以沉重打击。
孙恩，出身于信奉五斗米道的世家，其叔父孙泰因利用宗教组织群众，意图谋反，被东晋朝廷处死。孙恩侥幸逃脱，心怀仇恨，逃亡海上，暗中积蓄力量，等待复仇的时机。此时的东晋，政治腐败，社会矛盾尖锐。尤其是在三吴地区，南北士族的田园别墅星罗棋布，他们对农民进行残酷的剥削，加之政府将大部分赋役强加于此，使得农民生活苦不堪言，纷纷沦为奴隶、佃客，或是逃亡山海，反抗情绪日益高涨。
隆安三年（公元 399 年），东晋朝廷征伐 “免奴为客” 者当兵，这一举措如同点燃了火药桶，激起了民愤。孙恩认为时机已到，他率领着百余名追随者从海上登陆，迅速攻陷上虞，紧接着直逼会稽。会稽太守王凝之是个迷信五斗米道的糊涂官，他不组织军队抵抗，反而在府中设坛祈祷，指望 “鬼兵” 来退敌，结果被孙恩轻松斩杀。
孙恩的起义如同星星之火，迅速燎原。会稽、吴郡、吴兴、永嘉等八郡的农民和奴客们纷纷响应，短短时间内，起义军就发展到了数十万人。孙恩自称征东将军，将他的部众称为 “长生人”，开始了对东晋政权的猛烈攻击。面对来势汹汹的起义军，东晋朝廷惊慌失措，急忙派徐州刺史谢琰、兖州刺史刘牢之率军讨伐。孙恩虽兵力众多，但多为未经训练的农民，在刘牢之的精锐部队面前，逐渐显现出劣势。在与东晋军队的多次交战中，孙恩最终失利，无奈之下，他带着二十万部众退回海岛，等待下一次机会。
此后，孙恩又多次率军登陆，与东晋军队展开激战。他曾进攻邢浦，杀死谢琰；也曾兵临建康城下，给东晋朝廷带来了极大的恐慌。然而，在刘裕等东晋将领的顽强抵抗下，孙恩始终未能实现推翻东晋政权的目标。元兴元年（公元 402 年），孙恩在进攻临海郡时再次战败，眼见大势已去，他不愿被晋军生擒，于是投海自杀，结束了自己波澜壮阔的一生。
孙恩死后，其妹夫卢循接过了起义军的大旗。卢循出身于门阀士族范阳卢氏，虽家族在永嘉之乱后留在北方，但他仍有着不凡的见识和谋略。卢循率领着孙恩的残余部众，继续与东晋朝廷对抗。他先是攻占了广州，以此为根据地，休养生息，发展势力。卢循在广州自称平南将军，摄广州事，并派使者向东晋朝廷进贡，试图迷惑朝廷，为自己争取更多的发展时间。
义熙五年（公元 409 年），刘裕亲率军队北伐南燕，后方空虚。卢循的姊夫徐道覆敏锐地察觉到这是一个进攻东晋朝廷的绝佳机会，他极力劝说卢循乘虚袭击建康。起初，卢循犹豫不决，但在徐道覆的坚持下，最终还是决定听从他的建议。
义熙六年（公元 410 年），卢循和徐道覆兵分两路，开始了北伐。徐道覆率领军队进攻南康、庐陵、豫章等郡，各郡守相纷纷弃郡逃走，徐道覆顺利地沿赣江北上，直逼寻阳。与此同时，卢循则率军进攻长沙郡，击败了荆州刺史刘道规派出的军队。江州刺史何无忌得知徐道覆率军北上的消息后，亲自率军抵抗。然而，在与徐道覆的战斗中，何无忌因轻敌冒进，最终兵败战死。
何无忌的战死震动了东晋朝廷，此时刘裕还在北伐南燕的途中，朝廷内部人心惶惶，甚至有人建议带着晋安帝逃离建康。而卢循和徐道覆在取得一系列胜利后，信心大增，他们决定乘胜进攻建康。此时的建康守军仅有数千人，而卢循的起义军则有十多万人，且拥有十二丈高的楼船，形势对东晋朝廷极为不利。
然而，就在卢循即将进攻建康之时，刘裕率领军队及时赶回。刘裕的归来给东晋朝廷注入了一剂强心针，他迅速组织军队，加强建康的防御。卢循与刘裕在桑落洲展开了一场大战，结果卢循战败，损失惨重。此后，卢循虽多次试图扭转战局，但都未能成功。在刘裕的追击下，卢循的起义军节节败退，最终被逼到了绝境。
义熙七年（公元 417 年），卢循眼见大势已去，为了避免被刘裕俘虏，他选择了投水自杀，这场持续了近二十年的农民起义最终以失败告终。
孙恩卢循起义虽然失败了，但它给东晋政权带来了沉重的打击，加速了东晋的灭亡。这场起义也反映了当时社会的深刻矛盾，展现了广大农民为了反抗压迫、追求美好生活而进行的不屈斗争。在历史的长河中，孙恩卢循起义留下了浓墨重彩的一笔，成为了人们研究东晋末年历史的重要篇章。
