南通市位于江苏东南部，该枢纽是长三角铁路网重要组成部分，处于不断完善和发展阶段。
截止目前，境内设南通站（车站规模3 台 7 线）、南通西站（车站规模4台8线）、南通东站（设2个站台）、如皋站（四等车站）、如皋南站（车站规模2台4线）、如皋西站（初定车站规模2台6线）、海门站（站台规模2台4线）、启东站（站台规模2台5线）、吕四站、海安站（车站规模3台7线）、如东站（车站规模2台4线）、栟茶站等车站。
已建成通车的铁路项目：新长铁路（境内共设5座车站，即古贲站、海安站、王垛站等）、宁启铁路（设计速度120 至 200 km/h，境内共设10座车站，途经6个区市）、海洋铁路（设计速度160 km/h，单线非电气化铁路，位于南通境内）、沪苏通铁路（设计速度200 km/h，境内设赵甸站、南通西站等车站）、盐通高速铁路（设计速度350 km/h，境内设海安站、如皋南站、南通西站等车站）等。
在建中的铁路项目：通苏嘉甬高铁（预计2027年开通，新进展：2025年2月24日，苏州北代建段站前1标首墩浇筑完成）、北沿江高铁（全线预计2029年开通，新进展：2025年1月17日，2标三分部罗蕴河上海特大桥连续梁0号块浇筑完成）等。
规划中的铁路项目：如通苏湖城际铁路（加强南通与苏州、湖州等地的联系）、沪通城际（规划中的线路，加强南通与上海的经济联系）、通苏嘉甬如东延伸段（线路长约54公里，设南通站、通州北站和如东东站等车站。项目目前完成可研编制工作，等待国铁集团审核）等。
