满清入主中原后，富庶的江南地区成为清廷税赋、粮米的重要来源，其中，江苏省是这一地区的重要环节。因为横贯东西的长江从江苏入海，连接南北的大运河从江苏全境通过，所以，清廷极为重视这个地区。清朝前期在江南地区驻防有八旗军、绿营军、水师等。因为此处濒海临江，因此，水师就成为江南地区江海防体系中坚力量。

长江是重要水道，沿江而上可达湖北、四川等大清腹地，因此，位于长江口的吴淞，与崇明岛对峙，为大清沿海重要门户。朔江而上的江阴，为南北西东水陆要冲江宁的屏障，战略位置极其重要，所以，成为清军水师的防守重地。

吴淞口附近的上海、南汇、金山、川沙、浏河、福山等地，均为重要口岸，有绿营步兵和水师驻防。自崇明岛入长江而上北岸为海门、狼山、南通，与南岸太仓隔江对峙，往西就为江阴，该地区拱卫长江口，历来就为江防重镇，有内河水师驻防。

清朝驻军在江南可分为三道防线。南北海防是一道，东西为长江防线，再就是贯穿南北的大运河防线。这些防线中海防除长江口外，其他地方不是很重要。因为晚清咸丰年前之前，黄河自江苏盐城入海，自崇明岛至苏北海州沿海一线黄河泥沙淤积，致使大型船舶无法近海航行，成为一道天然屏障，所以不用担心外敌自海上来。江防、运防，就成为清朝水师重点驻防区域，分布于各口岸，与陆军共同承担防卫任务。

江苏于康熙六年（1667年）建省，只有绿营水师。雍正五年（1727年），为加强江南地区江海防，清廷又建立起八旗水师，有士兵1000人，沙船20只。后来因为训练不力、八旗兵操船行舟技艺生疏，于乾隆十六年（1751年）裁撤。清前期，在江苏有绿营水师22营，其中外海水师有吴淞营、川沙营、狼山镇标右营，苏淞镇标4营等共9营。内河水师有京口水师协所辖2营、太湖协2营、江南督标右营、盐城营、庙湾营、浏河营、福山营等共13营。

这些水师营，又分别归不同的官员统带。其中，京口水师协2营，原为京口将军管辖，康熙年间改归江南提督管辖，乾隆年间由两江总督统辖，有兵1860人，以及大小唬船18艘，负责江宁，京口一带防务。盐城、庙湾等4个营归漕运总督统辖，有马步守兵2370名，沙船20艘、唬船9艘、巡船4艘，负责海州、淮安等地运河防务。

其余16营归江南提督管辖，有马步守兵共11500余人，以及唬船13艘、沙船14艘、赶缯船8艘、巡船44艘、沙快与唬吧船34艘、其它各种小船18艘，总共139艘。这16营是江南地区水师主力，主要负责从崇明岛长江口等地区，沿江至江阴南北两岸的防务。

清朝前期在江南地区以及运河流域的绿营水师22营，共有士兵15730余名，有大小各型战船近200艘，实力还是很可观的。