1943年10月，戴高乐和吉罗之间的博弈已经分出了胜负，前者一步一步扒掉了吉罗光鲜亮丽的外衣，迫使他不得不消失在公众的视野中。
戴高乐掌控了法兰西民族解放委员会，至1944年春，该委员会控制着几乎所有法国的海外殖民地，军队规模也达到了40万人。戴高乐没有丝毫欣喜，因为民族解放委员会还有两件棘手的问题期待解决。其一是它还不能有效领导国内的抵抗运动组织，其二是美英苏三个大国都没有正式承认民族解放委员会的合法性。
1943年6月21日，八名法国抵抗运动组织成员在里昂郊区的一家诊所里开会。绰号“里昂屠夫”的盖世太保头目克劳斯·巴比带着人闯了进来，与会的八个人悉数被捕。这八个人中有三位需要着重提一下，一位是抵抗运动著名领导人雷蒙德·奥布阿克，一位是抵抗组织成员雷内·哈迪，还有一位就是“抵抗组织全国委员会”主席让·穆兰。
穆兰在监狱里遭遇了酷刑，有人称看到克劳斯·巴比拖着穆兰的一条腿沿着台阶往下走，穆兰浑身是血，已经失去知觉。7月8日，穆兰被殴打致死。
穆兰的死让戴高乐无比心酸，当年他苦于找不到一个可以领导国内抵抗运动的人选时，穆兰来到伦敦加入自由法国。二人经过多次长时间商讨后，穆兰于1942年1月潜回法国，并很快打开局面。1942年10月，戴高乐在伦敦召开抵抗组织领导人会议，宣布成立由穆兰领导的“抵抗组织全国委员会”。
可以说穆兰在整合国内抵抗组织上居功至伟，也是戴高乐最倚重的人之一。他被俘遇害后，戴高乐失去了对国内力量的掌控。令他担忧的是，“抵抗组织全国委员会”的五位委员中，有三位是法共成员，有穆兰在还能控制大局，如今穆兰牺牲，国内抵抗组织有被法共吞并或是陷入内乱的危险。
穆兰被捕肯定是有人告密，战后戴高乐曾下令务必找出叛徒，为穆兰报仇。原抵抗组织成员将怀疑的目标指向了雷内·哈迪，理由是事发当天，盖世太保把八个人押解出来时，只有哈迪没有戴手铐，他走出房门后突然逃跑，而身后几名端着冲锋枪的党卫队员只是零星开了几枪，也没有追上去抓捕，显然十分蹊跷。
哈迪在战后成为一名成功的作家，他对众人的指控矢口否认。法庭曾两度开庭审理此案，在第二次审判他时，有一位当过党卫队军官情妇的法国女人出庭作证——哈迪的确把6月21日集会的消息告诉了德国人，这才导致穆兰被捕。但法庭仅有她一面之词，没有足够证据证明哈迪有罪。
20世纪80年代，“里昂屠夫”巴比从南美洲玻利维亚引渡回法国，随即接受了审讯。最初三年巴比对穆兰一案绝口不提，后来他见返回玻利维亚无望，遂交代当年泄露机密的是雷蒙德·奥布阿克。法国当局对巴比的证词震惊不已，因为奥布阿克在战后担任政府要职，在法国政坛的地位举足轻重。奥布阿克也健在，他否认巴比的指控，并道出巴比说谎的原因——穆兰死后，逃出监狱的雷蒙德为了复仇，曾杀死了5名巴比的手下，对方指控他显然是报复。
对雷蒙德的指控没有开庭审理，2012年雷蒙德去世，法国政府为他举行了国葬。
到底是谁出卖了穆兰至今都是一个谜。有人甚至猜测是英国政府、戴高乐借纳粹德国的手除掉了穆兰，但从当时的局势看，这种可能性不存在。
失去了穆兰，戴高乐对法国本土抵抗运动组织失去了掌控。他最担心的是法共掌握国内军政大权，他们身后还隐藏着苏联，而当下的局势既不能简单地与法共决裂，更不能得罪苏联。
长期的斗争已经把戴高乐磨炼成一名老练的政治家，他决定在民族解放委员会里吸收各个阶层的代表，从而让它能够代表更广泛的民意，此举既可以彰显出委员会的民主性，也可以借此向英美施压。1943年9月17日，民族解放委员会通过决议，决定成立协商委员会，这个委员会共有94位委员，包括前国会议员、抵抗组织代表以及被解放领土上的居民代表，其中有8人是刚刚从阿尔及利亚监狱解救出来的法共成员。
11月6日，民族解放委员会再次通过决议，正式决定吸收国内主要政治派别和组织的代表加入委员会。11月9日，新的民族解放委员会名单出炉，原委员会成员除了吉罗其余全部在列，还增加了很多新面孔。法共也得到邀请，但戴高乐提出的条件是，入选委员会的法共成员必须由他本人挑选。法共原则上同意加入，但不同意戴高乐提出的条件。
1944年4月，民族解放委员会例行改组，将两名法共成员吸收进委员会。同时，戴高乐宣布自己为武装力量领袖，吉罗改任没有实权的陆军总监。此前不久，法庭已经判处皮舍死刑，作为皮舍的引荐人，吉罗已经名誉扫地。他拒绝了陆军总监一职，宣布辞职。戴高乐同意他辞职，并授予他象征法国最高荣誉的“军人奖章”，吉罗同样拒绝了。
至此，法兰西民族解放委员会已经整合了法国几乎所有的力量，并打造了一个高效、统一的军政体系。尽管对国内抵抗组织的领导还是名义上的，但倘若盟军攻入法国，戴高乐也有办法逼迫他们就范。
与美英苏三大国的关系最让戴高乐头疼。美国一直希望渗透进欧洲，一战结束时是如此，二战时也是如此。在罗斯福看来，通过控制法国介入欧洲事务是最理想的方式，所以他们才不遗余力地支持吉罗，反对戴高乐。戴高乐清楚美国的企图，但他需要美国援助军事物资，所以心里即使有极大的不满，也不能跟美国人撕破脸皮。
英国的做法虽然隐晦得多，但也小动作频频。起初英国也想蚕食法国在海外的殖民地，或者至少在海外刮一些法国的油水。戴高乐在这一点一直保持着高度警惕，可他在战争初期的力量有限，有时也无可奈何。1941年春，为了争取阿拉伯人的支持，戴高乐以自由法国的名义宣布支持叙利亚和黎巴嫩独立。这本是法国人的事，但英国却提出给宣言提供担保，其目的无非是想插手叙利亚和黎巴嫩事务。戴高乐冷淡地回怼了丘吉尔，可新闻稿在交给英国广播公司播发时，还是加上了英国政府的字眼。
戴高乐对英国的做法相当不满，他跟丘吉尔和艾登见面时经常会发生争吵，有时候吵架的内容已经不重要，重要的是用自己最熟悉的语言（戴高乐用法语，对方用英语），让自己的音量盖过对方。但戴高乐和丘吉尔都一直坚守一个底线——斗而不破。彼此都知道对方是敌也是友，而且必须保持合作。丘吉尔也清楚，英国民众认同这位法国领袖。
在对待苏联的态度上，戴高乐不喜欢苏联，讨厌斯大林。双方首次接触是在1941年6月，德国入侵苏联后，戴高乐与苏联驻英国大使麦斯基会面，向他表达了“谨慎且明确无误”的支持。苏联当时对自由法国缺乏了解，认为他们与欧洲其他流亡政府一样，不过是英国的附属品。同时斯大林还没有决定与维希政府断交，所以对戴高乐展示的善意并不积极。
当年8月，忙于处理叙利亚事务的戴高乐在大马士革会见苏联大使维诺格拉多夫，提出委派2~3名代表到莫斯科，以便双方建立沟通渠道。然而苏联的态度仍不积极。
不久事情出现转机，法国维希政府在德国的施压下，主动宣布跟苏联断交。与此同时戴高乐于1941年9月24日宣布成立“法兰西民族委员会”，代表法国行使权力。为了获取苏联的支持，戴高乐再次派人拜访麦斯基，这才获得苏方的积极回应。9月26日，双方发表共同声明，苏联承认戴高乐是自由法国的领袖，并愿意为其提供帮助。随后苏联派出人员常驻自由法国。作为回报自由法国也派出驻苏代表，并派出空军到苏联境内作战。
总体来说，苏联对自由法国的支持是有限的。斯大林很清楚法国的背后是英国和美国，所以在对待自由法国以及后来的法兰西民族解放委员会的态度上都持谨慎的支持态度。1943年5月，斯大林解散第三国际，还特意指示法共领导人，不要以夺取法国政权为斗争目标，而是应该在民族解放委员会的领导下与纳粹德国作战。
在应对国际环境的问题上，戴高乐得出了一个结论：如果想在英美前面争取到最大利益，就必须巩固和加强民族解放委员会的实力，乞讨是行不通的。而对于英美来说，对民族解放委员会要适当打压，但在北非和反攻欧洲大陆时还得借助他们的力量。如果戴高乐不配合，最坏的打算是换人。
1943年底盟军开始筹划登陆法国诺曼底的“霸王行动”。法国人对此投入了极大的热情，可英美方面的态度非常冷淡。不久前戴高乐和丘吉尔再次爆发矛盾，起因则是1941戴高乐对叙利亚和黎巴嫩发表的那篇宣言。
戴高乐当初承诺给予叙利亚和黎巴嫩独立地位是迫不得已，因为他想从维希政府那里夺回两地的控制权，就必须获得当地阿拉伯人的支持。自由法国达成目的后，戴高乐反悔了，但是当地阿拉伯人当真了。1943年7月，叙利亚和黎巴嫩举行独立选举，不久之后选出新一届议会和政府。11月18日，黎巴嫩议会宣布终止法国人的统治。
当时掌控叙利亚和黎巴嫩局势的是让·埃勒，他命令出动军队，将黎巴嫩总统和各部部长逮捕，解散议会并宣布选举无效。此事激起当地人的强烈反抗，又遭到埃勒的暴力镇压。英国、美国、苏联以及其他阿拉伯国家对法方的做法表示谴责，英国则以当初提供过独立担保为由，表示将介入黎巴嫩局势。
戴高乐指责英国人搞阴谋，并公开支持埃勒的行动。在此之后双方争吵不休，直到戴高乐命令卡特鲁前往黎巴嫩调解，并很快平息了那里的局势，双方才结束了口舌之争。此事让丘吉尔和戴高乐的关系近乎破裂，英国政府也宣布中断和阿尔及尔的密码通讯联系。
不久之后，盟国高级官员们因为准备霸王行动纷纷离开。艾森豪威尔的司令部迁往英国，接替他的是厌恶法国的“大象”威尔逊。已经跟戴高乐建立私人友谊的美国代表墨菲和英国代表麦克米伦也离任，一度成为盟军指挥中心的阿尔及尔归于平静。
身在阿尔及尔的戴高乐被边缘化了。盟军从不向他通报霸王计划的进展，只知道勒克莱尔的法军第2装甲师将作为代表参加登陆行动。行动总指挥艾森豪威尔得到的指示是不允许向法方透露行动细节，只在必要时跟法方代表柯尼希将军和法国本土抵抗组织协调与他们相关的事项。
倔强的戴高乐关起门来做着准备。民族解放委员会任命了18名专员，决定在法国本土获得解放后接管政权。戴高乐还签署法令，宣布战前选出的地方议员全部作废，职权由进驻本土的民族解放委员会成员接管，直到选出新一届议会为止。
1944年6月3日，在距离登陆仅剩三天的时候，他收到丘吉尔的邀请飞赴伦敦。临行前英国恢复了和阿尔及尔的密码通讯联系。
戴高乐抵达伦敦希斯罗机场时，收到了丘吉尔的亲笔信，后者在信中邀请他共进午餐。二人数月后的会面以友好的气氛开局，又以争吵中结束。丘吉尔想跟戴高乐讨论政治问题，即法国解放后将由盟军维持一段时间的军管体制。戴高乐不想谈，他告诉丘吉尔，自己不想祈求美国人，也不想祈求英国人，民族解放委员会已经做好了接管政权的所有准备。
争论之中，丘吉尔已经气得语无伦次，甚至当着戴高乐的面扬言要搞掉他。一旁的艾登和劳工大臣贝文赶紧打圆场，表示这只是丘吉尔的气话，并非他的本意也不代表英国政府。当午餐结束时，沮丧的丘吉尔提议：为永不承认失败的戴高乐干杯。
午餐会是在丘吉尔的专列上举行的，它正驶往西线盟军指挥部。当艾森豪威尔看到英法两国元首时，发现他们都怒气冲冲。邀请戴高乐访问盟军指挥部是有目的的，艾森豪威尔拿出一份文稿，希望在盟军登陆前由戴高乐通过广播向法国民族发表讲话。
戴高乐质问艾森豪威尔，为什么演讲稿不交给自己起草，艾森豪威尔则告诉他这只是草稿，不合适可以修改。戴高乐与艾森豪威尔在阿尔及尔建立了私人友谊，他接过文稿，表示自己会回去仔细看。艾森豪威尔说了谎，这份稿件其实已经得到华盛顿的批准，是一份定稿。
戴高乐回去后发现了猫腻，文稿通篇没有提到自由法国和民族解放委员会，只是要求法国人民要服从盟军的领导。也就是说，文稿的基调和丘吉尔要求的“军管体制”并没有区别，法国解放后将由盟军管理。戴高乐不想让艾森豪威尔为难，他的修改稿提到“法国人民要服从有权发布命令的当局”，但是没有使用“自由法国”和“民族解放委员会”。即便如此，他的稿件还是没有得到盟军的认同。
距离登陆时间已经迫在眉睫，戴高乐、丘吉尔和罗斯福则陷入了一场“如青春期女孩子那样语无伦次的争吵”（丘吉尔外交秘书卡多根的原话）。气急的丘吉尔嘲讽戴高乐“你只想把自己打扮成法兰西的救星，可你看看你的身后，连一个法国士兵的影子都看不到”！他下令6月6日前不管使用什么办法，可以包括武力，把戴高乐装上飞机送回阿尔及尔。
戴高乐没有走，他还是在BBC发表了讲话，不过谁都不敢提前索要他亲自起草的演讲稿。丘吉尔告诉底下的人：如果讲话过于糟糕，就马上掐断。
戴高乐在演讲中提到了民族解放委员会，还提到它刚刚改组为法兰西临时政府，但绝口不提“军管”。他的表态引起了法国和英国民众的关注，也让英国内阁陷入分裂的危险。幸好务实的罗斯福作出让步，他邀请戴高乐在合适的时间访问美国。美国态度的转变让英国内阁的纷争告一段落，也让丘吉尔暂时走出了危机。
盟军在诺曼底顺利登陆后，戴高乐提出返回法国本土的要求。丘吉尔经过权衡还是同意了，但他告诉艾登：请记住，此人毫无度量。
1944年6月14日14时，法国“战斗号”驱逐舰把戴高乐送到法国海岸。这是他四年后首次踏上法国本土的土地，四年弹指一挥间却已物是人非。盟军地面部队司令蒙哥马利礼节性地接待了戴高乐，然后就以战事繁忙为由告别。戴高乐一行人只得自行驱车赶往法国小城贝叶。当他们快到那里时，遇到了两个法国警察，然后要他们通知贝叶居民，戴高乐即将来访。
戴高乐在回忆录中记录了当时的情景，他写道：“我们步行前进，穿街过巷，居民们一见到我，先是惊讶，而后便是欢呼雀跃、热泪盈眶。他们从家中走出来，无比激动地簇拥着我们前行，孩子们围着我，妇女们或是微笑，或是哽咽，男人们则向我伸出双臂。我们就这样走着，心情激荡、情同兄弟，我们感到快乐，民族的自豪感和自信心再次从心底升腾而起。”
