乾隆七年（1742），傅清的堂兄、其三伯父、前领侍卫内大臣马武之子保祝奉乾隆帝谕旨，从广东回到了京师，先进宫觐见乾隆帝，然后出外就职直隶提督；这时候，傅清正在天津镇总兵的任上。
乾隆九年（1744年）四月，就任直隶提督刚刚两年的保祝患了疾病，无法继续坚持就职、处理公务；于是，乾隆帝特命任天津镇总兵傅清前往位于古北口的直隶提督署，暂时代替堂兄（保祝）管理直隶一应军务、并护理提督关防大印。
然而，正当病中的保祝十分期盼堂弟傅清前来接替自己差事、好安心养病，而傅清也急急忙忙地从天津赶往古北口准备代理直隶提督之时，当年五月初三，保祝的婶母、也就是傅清的嫡母（即李荣保的嫡妻觉罗氏、孝贤皇后与傅文、傅玉、傅恒的生母）不幸因病去世了；按当时的制度，傅清要马上解职，然后居家丁忧（武职无战事时一百天、文职未有军务要任时二十七个月）。
嫡母突然去世，傅清就去不了古北口、接替堂兄的公务了，只得立即赶回京师，在家中服孝丁忧；不过，这并不影响到傅清的日后仕途，只不过是在家居守一百天的孝期而已（傅清是天津镇总兵，属于武职，按制度只要丁忧一百天）。
等丁忧孝期一结束，傅清就可以再次出仕，或者回天津继续当总兵，或者去古北口接替堂兄保祝的差事（那时候，说不定保祝的病早就好了）。
但让傅清想不到的是，他用不着回天津、也不用再去古北口了——就在乾隆九年（1744）五月的时候，清朝派驻西藏管理当地军政要务的最高官员：驻藏大臣、副都统索拜的任期已满，即将调回内地任职；因此乾隆帝特地给居家守孝的傅清下谕旨，让他在百日丁忧期满之后，以副都统的头衔从京师启程前往四川成都，然后取道川西前往西藏，接任索拜的驻藏大臣一职，为国家驻守雪域高原，维护边陲的安宁和稳定。
清朝驻藏大臣之职，始于康熙五十九年（1720年）；当年，康熙帝发动了‘驱准保藏’军事行动，以第十四子、贝子胤禵为抚远大将军（王），从北南两路出兵进入西藏，击败并驱逐了入侵西藏的准噶尔汗国军队，护送第六世达赖格桑嘉措（其实是第七世达赖，第六世达赖仓央嘉措的转世灵童）入藏坐床。
当入藏清军将准噶尔军队赶出西藏后，康熙帝命清军留兵四千驻守拉萨（后减为一千人），以防备准噶尔的再次偷袭，并稳定西藏地方政局。最初，是胤禵的副将军岳钟琪奉诏留守拉萨，之后是护理抚远大将军印、贝子延信接替岳钟琪驻守西藏，率军驻守在拉萨以北‘达木八旗’地区（西藏当雄县）。
不过，这时候的岳钟琪和延信还不是正式的‘驻藏大臣’，只是‘留守西藏大臣’。
康熙六十一年（1721年）四月，延信奉命卸职回京，定西将军噶尔弼接任驻藏，不过很快就因病罢职（高原病反应严重）；此后策旺诺尔布接任定西将军、留守驻藏。
在驱逐了准噶尔势力后，康熙帝废除了之前西藏实施的‘第巴（总管）执政’旧制，恢复了和硕特汗国时期的噶伦（政务官）制度， 以在‘驱准保藏’军事行动中立下功勋的西藏五位当地僧俗贵族为执政噶伦——
阿里第巴康济鼐封贝子衔，管理卫藏和阿里政务；
空布第巴阿尔布巴封贝子衔，协助康济鼐管理卫藏事务；
第巴隆布奈封辅国公衔，管理前藏事务；
颇罗鼐封扎萨克一等台吉衔，管理后藏政务；
七世达赖亲信佐事扎尔鼐（僧官）封一等台吉、管理教务；
（后二人为雍正元年、即1723年任命为噶伦）。
以康济鼐为首席噶伦。
基于这些严密的军事和政治措施，康熙帝建立起了中原王朝对西藏地方的深入紧密治理，康熙帝还亲自制定了平定西藏的碑文，在拉萨立石刻碑以宣谕四方。
首席噶伦康济鼐虽然总管西藏军政事务，但他还兼管着后藏和阿里的事务，因此他不在拉萨的时候，就次席噶伦由阿尔布巴代行首席噶伦的职权。
而康济鼐是和硕特汗国拉藏汗的女婿，在西藏政治上属于‘前朝余孽’，地域上属于后藏贵族，其首席噶伦的位置也是清朝强行封授的；所以他在拉萨贵族圈中的等级地位远不如阿尔布巴、隆布奈、扎尔鼐三位出身前藏的噶伦。
当时，扎尔鼐是六世（实为七世）达赖的强有力近臣，而隆布鼐又把两个女儿嫁给了六世（七世）达赖之父索诺木达尔扎，再加上野心勃勃想要取代康济鼐权势地位的阿尔布巴，三位噶伦暗中勾结，时刻策划，终于搞出了搅乱西藏政局的‘阿尔布巴之乱’，也就是‘卫藏战争’。
雍正元年(1723年)，阿尔布巴乘清朝撤守驻西藏大部分驻军之际，借口首席噶伦康济鼐改组红教（藏传佛教宁玛派）寺院之机，煽动前、后藏不同的派别信众之间的矛盾，意图排挤康济鼐、夺取其手中的大权；但事情并没有得逞。
之后，经过了长期的权力争夺和斗争，至雍正五年(1727年)初，阿尔布巴、隆布奈、扎尔鼐三名噶伦因为在政治斗争中始终打不垮首席噶伦康济鼐，而调解西藏政治纠纷的钦差大臣即将抵达拉萨（自然倾向于康济鼐），因此铤而走险，悍然发动了政变，在日常的‘议事会议’过程中，于布达拉宫大殿内（一说是在大昭寺内）武力谋杀了首席噶伦康济鼐及其留在拉萨的内眷家属和随行侍从人员。
此后，得知西藏发生政变的雍正帝立即派左都御史查朗阿率兵入藏平叛，而五噶伦之一的颇罗鼐（也是后藏贵族、和硕特汗国系统出身，与康济鼐属于同一政治体系）也在同一时间起兵反抗，利用达木八旗（属于和硕特体系的蒙古军事集团）的帮助，在清军到达之前就与阿尔布巴势力交战于江孜，一举击败叛军武装，将战线推向了前藏，而阿尔布巴则节节败退，最后被颇罗鼐围困于布达拉宫。
走投无路的阿尔布巴起先想以六世（七世）达赖作挡箭牌，以此阻止颇罗鼐军队的进攻；经过与三大寺僧侣代表的协商，颇罗鼐将六世（七世）达赖和其亲属转移到哲蚌寺保护起来，并承诺‘不杀害投降的三噶伦’，而是交由即将进藏的清朝钦差处理。
雍正六年(1727年）八月，北路清军到达了拉萨；九月，作乱者阿尔布巴等人被诛杀，‘卫藏战争’结束；为了避免再次因争权而引发内讧争斗，雍正帝采取了分散权力和集体执政的应对措施，命颇罗鼐接任首席噶伦，负责管理后藏和阿里地区事务，由颇罗鼐推荐的贵族色朱特色布腾、策凌旺扎尔（即才仁旺杰）出任噶伦、负责前藏事务，以颇罗鼐‘总理’前后藏事务。
另外，奉雍正帝旨意入藏的钦差大臣查郎阿向后藏的班禅宣读了雍正帝的谕旨，宣布后藏及阿里地区都由班禅系统管辖；但班禅一再辞谢，最后才勉强接受了拉孜、昂仁、彭错林（今属拉孜境内）三地；自此，西藏区域分为了前藏的西藏地方和后藏的班禅系统，这也是雍正帝‘分而治之’统治精髓的体现。
平定‘阿尔布巴之乱’后，雍正帝正式设立了‘驻藏大臣’一职（全称是‘钦差驻藏办事大臣’），以僧格、马喇为‘驻藏大臣’，留川陕兵二千人驻防前、后藏，重新划分了卫藏区域的辖境。
雍正八年至十一年（1730—1733年，历任驻藏大臣僧格、马喇、青保、苗寿等人或派兵、或亲自驻守于藏北的腾格哩诺尔、达木八旗等军事重地，一是严防准噶尔汗国的再次侵扰，二来也是稳定西藏局势、震慑西藏内部僧俗贵族，掌握藏东瞻对、大小金川土司（川西甘孜一带）动态，维护西藏的安定局面。
因此，稳固西藏局势对中原王朝有多么的重要不言而喻，而‘驻藏大臣’的责任和地位之紧要性，更是不必再强调了。
乾隆帝登基后，针对西藏政治局势曾专门下达谕旨明确指示:
“达赖系执掌阐扬西方佛教之人，颇罗鼐系约束管理藏内人众之人；然而如有应行办理事件，还需请示驻藏大臣，由驻藏大臣按理裁处”。
也就是说，西藏地方宗教及军政事务一般由达赖与颇罗鼐共同主持，但大事的最后决定权，还是在驻藏大臣的手中。
乾隆四年(1739)，因忠于职守、政绩突出，且恭顺敬服朝廷， 颇罗鼐被乾隆帝晋封为（西藏）郡王，协助达赖与驻藏大臣，共同治理西藏政务。
因为‘驻藏大臣’的地位和权力如此重要，所以在任命傅清为新任驻藏大臣之后，乾隆帝不但赏赐给傅清丰厚的差费，还在他临行之前亲自接见、谆谆教导，诸多需要交付办理的重要事情也一一告知，主要是——
多年来朝廷加恩藏地，藏人是否心怀感激；
准噶尔派人来藏地熬茶，到并给当地僧侣布施，当地人是否欢喜，准噶尔人是否还指望以此年年来熬茶；
总理西藏政务的颇罗鼐，其两个儿子为人如何，藏地其他贵族是否有识大体、能交办事务之人；
听闻藏地有交通云南的偏僻道路，查明后及时汇报。
这些事情，乾隆帝希望傅清到藏之后切记留意、用心办理，一一详细汇报。
乾隆九年（1744年）九月，傅清正式从京师启程，赶往西藏赴任，十月底才抵达成都，在成都逗留过了新年；而自成都到拉萨之间的六千一百里官道（这里不是直线距离，而是绕行可以行路的官道，所以才有这么长的距离），傅清走了近三个月，直到乾隆十年（1745年）三月十二，风尘仆仆、脸色憔悴的傅清才顺利抵达了拉萨。
抵达拉萨后，傅清与前任驻藏大臣、副都统索拜火速办理了交接手续，又与西藏郡王颇罗鼐互致问候、做好日后公务上的往来准备，再前往达赖驻锡地布达拉宫，代表乾隆帝接受了六世（七世）达赖对皇上的请安。
在完成了一系列与西藏各上层人士的会面、事务交接后，傅清将自己来到拉萨后的所见所闻、并正式到任的情况做了详细的奏疏汇报，立即发往京师交乾隆帝批阅，并向乾隆帝保证：
“皇上临行交付臣诸事，臣定当尽力留意、勤勉办差”。
傅清到藏就职后，办差勤勤恳恳，与当地僧俗贵族相处融洽，受到西藏地方上层人物的信任与尊重，西藏郡王颇罗鼐对傅清在各项事务上提出的办理建议很是尊重，一律接受照办，十分配合傅清的工作。
另外，维系西藏僧俗贵族与朝廷往来沟通的重要差事，傅清也干得很起劲，达赖、班禅及颇罗鼐等人的公务意见和给朝廷的奏疏，傅清都根据情况迅速做出相对的应对措施。
但毕竟是外来的‘驻藏大臣’，也不熟悉西藏的地方政局和复杂恶人际关系，正是因为这‘太起劲’的工作，让傅清又一次面对仕途上的危机，这就是‘代奏为班滚求情’事件。
乾隆十年（1745年），因川西三瞻土司（四川甘孜州新龙县、属于藏族嘉绒分支土司势力）中的下瞻对土司班滚，对驻防川西江卡台站、换防回营的绿营官兵回营进行了‘夹坝’（土司属人组织拦路抢劫）掠夺，事后又而‘惟缴赃物数件，并不查献贼首’，所以乾隆帝接受了川陕总督庆复（佟国维之子、隆科多之弟）、四川巡抚纪山、四川提督郑文焕、李质粹的‘奏请进剿’建议：
“看来有不得不如此之势，然须详妥为之，以期一劳永逸；与督抚商酌而行，或汝出口据要害以为接应，令总兵前进亦可耳。”
同意派兵进剿瞻对叛乱土司势力。
乾隆帝的心里十分清楚，要维护四川通往西藏道路的通畅安全，那么对控制处于道路关键点上的瞻对（以及大小金川）、平定地方土司的作乱，是至关重要的。
清军还没有正式发起对瞻对的军事进攻，而瞻对土司班滚早已派土兵在瞻对的各险要关口进行驻扎和阻击了。乾隆帝得知消息后立即指示统兵的四川督抚：
“兵贵神速，岂有贼已发兵阻挡，而汝等尚无出师之期之理？即令派拨川属并德尔格汉土官兵分路进剿；倘仍如雍正八年之草率完结、复为今日之害，则庆复、纪山、李质粹不得辞其咎也！”
乾隆帝谕旨中的意思，表明了他此次用兵是想彻底解决瞻对叛乱、不复王化的长期遗留问题（这也是乾隆帝登基后，第一次大规模用兵）。而根据乾隆帝的谕旨，四川督抚于乾隆十年（1745年）六月，正式发兵攻剿瞻对。
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