汉献帝初平三年（公元192年）夏，青州的三十万黄巾军号称百万，在首领张饶的带领下准备渡河进入河北，与黑山军会合，却遭到公孙瓒的阻击，转而南向兖州杀来。
黄巾军进入兖州的任城国，任城相郑遂率官军抵抗，结果官军大败，郑遂也被黄巾军杀死了。接着黄巾军乘胜进攻东平国。
却说兖州刺史刘岱自从上次在酸枣杀了东郡太守桥瑁，兼并了桥瑁的军队，力量大增，早就想对境内的黄巾军动手了，这时黄巾军进攻东平的消息传来，刘岱立刻点齐兵马，准备亲自去迎击黄巾。
济北相泰山郡人鲍信这时正率军屯驻兖州，忙拦住刘岱劝谏说：“现在黄巾贼有百万之众，百姓无不震惊恐慌，士卒没有斗志，不可以贸然去迎敌。”刘岱一听，便问鲍信该如何应对。
鲍信说： "据我所知黄巾贼众大多亲属相随，并无辎重，只靠四处钞略为给养。现在不如积蓄士兵们的精力，先进行固守自保，敌人想战不得，强攻又不能，他们势必离散，然后我们选派精锐部队，占据要害之地攻击敌人，就可以打垮他们了。”
刘岱听了哈哈大笑道：“黄巾人数虽多，不过是一群乌合之众罢了。”于是，刘岱不听鲍信的劝告，率军朝东平截击黄巾去了。
刘岱的兖州军刚进入东平，就与黄巾军相遇，双方一场会战，官军大败，刘岱也被黄巾军杀死了。
刘岱被杀的消息传到了兖州的东郡，东郡太守曹操召集夏侯兄弟、曹氏兄弟、荀彧、任峻、史涣等众将幕僚们商议。这时一人站了出来，曹操一看乃是自己在东郡新收的部将，此人姓陈，名宫，字文台，是本地东郡东武阳人。
陈宫道：“现在兖州没有了主人，而通往朝廷的交通又断绝，王命也到不了这儿。我打算去跟州里的头面人物联络，请明府您去做兖州牧，并以此为根据地逐步收服天下，成就霸王之业！”
陈宫所言，正说到曹操心坎里，立刻请陈宫辛苦一趟。并让陈宫去州里先和自己的好友鲍信取得联系，两人携手，此事可成。
陈宫到了兖州治所昌邑，先去见了鲍信，说明了来意。鲍信大喜，当初曹操离开袁绍来东郡发展正是鲍信给出的主意，鲍信一直看好曹操，觉得他将来一定会成就一番事业，现在曹操要做兖州牧，鲍信更是要积极促成此事。
于是鲍信帮陈宫与州里别驾、治中等主要官吏联络，陈宫对众官吏说：“现在天下分裂，咱们州里没有了主人，曹东郡是命世之才，如果请他来做州牧，准能保人民安居、地方安宁。”
鲍信也帮着游说兖州众官吏，说曹操是当今世上少有的人才，应该请来做州牧。
就在这时，河北袁绍也派来了使者，袁绍以关东诸侯盟主的身份任命曹操为兖州刺史。原来曹操派陈宫去兖州游说的同时，也派人通知了袁绍，袁绍早就想控制兖州，正好借这个机会任命自己的小兄弟曹操为兖州刺史。
兖州众官吏迫于袁绍的势力，再加上兖州本土豪族鲍信的大力支持，又有陈宫的游说，于是大伙儿决定迎曹操来做兖州牧。
随后，鲍信与兖州治中万潜代表兖州众官吏随陈宫去东郡请曹操，曹操与鲍信自从上次在河内袁绍处一别，再次在东郡相会很是高兴，曹操设宴招待鲍信、万潜二人。
席上，鲍信讲了兖州形势，当今首要问题是消灭青州黄巾军，只有这样，曹操这个兖州牧才能立住脚，鲍信愿率自己的泰山兵全力配合曹操剿灭黄巾军。
次日，曹操命夏侯惇及其部将典韦、韩浩留守东郡，并任命夏侯惇接替自己为东郡太守。这时曹操的妾卞氏身怀有孕，而且兖州未定，曹操便把家眷老小仍留在东郡，托付给夏侯惇照料。
安排完毕，曹操统率自己的几千兵马与鲍信、万潜等人向兖州治所昌邑进发。
大军行至济阴郡乘氏县时，迎面来了一支人马，为首一员老将，身后紧随两位青年将军。老将来到跟前下马施礼。
曹操一问才知，来将姓李名乾，是山阳郡钜野县人，李氏一族是当地豪族，因天下大乱，李乾率宾客族人数千家来到乘氏县定居，并建立起自己的武装以自保。这次听说州里豪绅们迎曹操为州牧，要经过乘氏县，特率李家子弟兵来投奔。
曹操刚到任上就收了一支人马，十分高兴。李乾又介绍身后的两员小将：一个是自己的儿子李整；另一个是侄子李典，字曼成，今年只有十九岁。曹操见李典年纪虽轻，一副儒将风采，很是喜欢。
大军离了乘氏县，来到兖州治所昌邑县，兖州众官吏把曹操迎进城，自此，曹操正式担任了兖州牧，成为统领一州的诸侯。
虽然成为一州的长官，但曹操明白，盘踞在兖州的青州黄巾军不除，自己的这个州牧也无法坐稳。而自己的士兵数量少，于是在兖州广募士兵。
因时间紧迫，对新募的士兵数日的简单训练后，曹操便匆匆与鲍信率军北上东平，命部将乐进为先锋，去迎击黄巾军。
双方在东平展开厮杀，黄巾军人数多，又刚打败刘岱，士气正盛，而曹军旧部战斗力虽强，但人数少，新募兵没有作战经验，几场战斗下来，曹操接连打了几个败仗。
接连的败仗，使曹操认识了黄巾军的战斗力。曹操便决定亲自去敌人阵地观察一下，夏侯渊、曹仁等将纷纷劝阻，曹操不从。
傍晚，曹操带了曹纯及一千精锐步骑兵，偷偷绕到黄巾军营寨附近。
曹操正待观察敌营情况，突然大批黄巾军从营寨里杀了出来，原来曹操他们的行踪早被发现了！
黄巾军很快把他们包围了起来，曹操、曹纯与一千步骑兵拼命厮杀。
经过一番激战，曹操、曹纯终于带队杀出重围，天色已晚，黄巾也不再追赶。清点人数，一千多人的部队损失了好几百人。
曹操回到大营。曹军中新招募的士兵占多数，见主帅曹操败归，大家更害怕了，一时人心惶惶。
曹操知道军心浮动，便天天戴着头盔，穿着铠甲，亲自巡查军营，又用赏罚分明的办法激励大家，众将士的精神重新振奋起来。
曹操经过观察敌情，又与谋士荀或、戏志才等谋划，不再正面迎敌，多从侧面设计袭击黄巾军，结果接连取得了数次胜利，双方的形势逐渐起了变化，黄巾军不能抵御，渐渐后撤。
这日，曹操正在大帐召集众将商议军务，有小校来报，说是黄巾贼帅张饶派使者来了。
曹操唤入使者，接过使者献上的信件，只见信上说：“将军从前在青州的济南做国相时，为了百姓，把淫祠神坛毁了，您的这种精神和我们太平道的中黄太乙是一样的。汉家气数已尽，黄家当立，天运如此，不是您一个人能挽回的！’
原来是黄巾军劝曹操弃暗投明，不再为汉家朝廷卖命的劝降书。曹操看罢，大怒，对着众将士们大骂黄巾狂妄。
接着曹操对黄巾使者说：“回去告诉你们的主帅，我与黄巾势不两立，但我愿意给你们一条生路：就是尽早投降！”说罢，命人把使者赶了出去。
曹操接连又用计连破黄巾，老将李乾率自己的子侄李整、李典每次都冲锋在前，连立战功。把黄巾逼退到东平寿张县以东。
曹操听说东平人毕谌是当地的名士，就请来参谋军事，毕谌介绍了当地的地形，曹操决定利用此地形设奇伏，把黄巾消灭在寿张。
为稳妥起见，曹操决定与鲍信再进行一番实地考察，两人带了骑兵走在前边，不想迎面正遇到一支黄巾军。
这时曹操所率骑兵少，而大队的步兵还在后边没有跟过来，眼看形势危急，鲍信忙叫曹操先撤，他在后边掩护。曹操不及回答，双方已经战在一处。鲍信殊死搏斗，挡住黄巾的进攻，掩护曹操突围。
双方血战了半天，曹操终于杀出重围。回头看时，身边只剩几个亲随，鲍信却不见了，不知生死如何。
这时曹仁、史涣、乐进率步兵赶到，曹操忙命诸将率步兵杀过去，无论如何要救出鲍信。双方又是一场混战，一直打到天黑，黄巾军才勉强被打败。
战后清点人数，仍不见鲍信踪迹。有士兵报告说，看见鲍将军战死沙场了。
曹操闻听大哭，命部下们清扫战场，悬赏一定要找到鲍信尸首。然而众将士一直找到天明，也没找到鲍信的尸首。
曹操万分悲痛，回想自京城洛阳与鲍信相识以来，诸侯起兵讨伐董卓、汴水之战、屯驻河内、入主兖州，每次鲍信都给与自己无私的帮助，汴水之战鲍信的弟弟鲍韬更是战死沙场，鲍家兄弟先后为自己的事业献出了生命。
鲍信年长曹操三岁，时年四十一岁。曹操失去了最亲密的战友和兄长，十分难受，因找不到尸首，只好命工匠用木头雕刻成人形，穿上鲍信原来的衣服，埋葬了。
下葬之时，曹操又哭祭了一番。鲍信是泰山郡平阳县人，出身儒家名门，虽逢乱世，而一向勤俭，家无余财，却厚养将士，因而士归心。
祭祀之后，曹操命将军王朗统率鲍信的这支泰山兵。这些泰山子弟兵无不悲痛，誓要为鲍将军报仇。
曹操见士气旺盛，便接连设计在寿张县大败黄巾军，王朗所率的泰山兵尤其勇猛，冲锋在前，屡立战功。
战斗中，王朗发现一名都伯（领兵五十人的队官，相当于今天的排长）作战勇猛，指挥若定，很有大将之风，便叫到跟前询问。
原来这名都伯，姓于名禁，字文则，是泰山郡钜平县人，鲍信当年在家乡泰山募兵时，于禁投军入伍，成为一名都伯。王朗通过与于禁交谈，发现于禁是一个难得的将才，只担任小小的都伯实在是太屈才了。
于是，王朗把于禁举荐给曹操，曹操召见于禁一番交谈后，大喜，没想到在部伍之中又收得一员大将，立刻任命于禁为军司马，统率一营数百人。
接连的失败，青州黄巾军一路向北逃去，曹操的人马在后一路追赶，昼夜会战，收获辎重无数。
这年冬天，黄巾军逃到济北，这时他们的首领张饶也已经战死。而曹操大军也尾追过来，黄巾军众首领只好向曹操乞降。
一时间，放下武器的黄巾军降卒有三十多万，跟着黄巾军投降的还有男女百姓近百万人，曹操安排他们在兖州开垦荒地，从事农业生产。
曹操又从中挑选身体强壮的数万人重新整编，作为自己的队伍，号称为“青州兵”。青州兵自成编制，不受诸将节制，直接听命于曹操，成为一支相对独立的部队。
自夏至冬，大半年时间的征战，终于平定了黄巾，使兖州局势稳定下来，曹操终于有时间开始治理兖州。
兖州辖东郡、陈留、济阴、山阳、泰山、济北、东平、任城共八个郡国，是当时的大州，曹操准备把州治由山阳郡昌邑县迁到济阴郡鄄城县，因鄄城与东郡相邻，东郡是曹操的起家根据地，有夏侯惇驻守，州治迁到这里更便于控制兖州。
曹操又在州里广纳贤士，他听说东郡东阿县有一个叫程立的贤士，便派人去征召程立来州里做官。
刘岱做兖州刺史时就曾经征召过程立，但被程立拒绝了。这次曹操征召他，则痛快的答应了，立刻收拾行囊，准备出发去见曹操。
程立临出门，街坊邻居都来送行，有人不解就问程立，为何当初刘岱征辟他时不去，曹操征辟他就痛快答应了？程立听了笑而不答。
程立见了曹操，两人一番交谈后，曹操很欣赏程立的才能，就辟程立为兖州从事并兼领寿张县的县令。寿张这半年来一直是黄巾之乱的主战场，已经是满目疮痍，故此曹操派程立去治理寿张，尽快恢复那里的秩序。
曹操以东平人毕谌助讨黄巾之功，任命为别驾从事。又听说从南方荆州刚返回家乡的陈留平丘人毛玠是一个人才，就征召他为治中从事。别驾和治中是州刺史属吏中最高的两个职位。
曹操又征辟东郡人王必、薛悌，山阳人满宠，东平人王国，任城人吕虔等人为兖州从事。又命济阴太守举济阴人魏种为孝廉。
曹操又以东郡人陈宫、乐进、贾信，山阳人李乾、李整、李典，泰山人于禁，陈留人路招、蔡阳、楼异、徐翕、毛晖等为统兵将领。
加上旧部谋士荀彧、戏志才，沛国乡里旧将夏侯兄弟、曹氏兄弟、史涣、刘岱等将，还有新收的几万“青州兵”，一时文臣武将人才济济，兵强马壮。
却说长安朝廷被李催、郭汜把持，兖州刺史刘岱被杀的消息传来后，朝廷立刻任命京兆人金尚为兖州刺史。金尚领了一队人马到兖州赴任来了。
曹操得到消息十分生气，自己好不容易平定黄巾，安定兖州，怎么能拱手让给别人。于是命夏侯渊、路招、蔡阳三将率兵埋伏在兖州西界陈留郡，伏击金尚。
金尚带军刚靠近兖州地界，就中了埋伏，被夏侯渊等人所率的曹军打得大败，金尚只好南下投奔袁术去了。
曹操虽然赶走了朝廷任命的兖州刺史金尚，但总觉得自己的兖州牧不是朝廷任命的，总有些名不正言不顺，正在烦恼时，治中从事毛玠前来求见。
毛玠对曹操说：“当今天下分崩，君主迁移，民众荒废产业，饥寒交迫，流离失所，国家仓库没有一年的储粮，百姓没有安居的心思，难以持久，如今袁绍、刘表，虽然士兵民众人多势强，但都无长远考虑、树基建本的打算。”
曹操问毛玠应该如何做，毛玠说：“用兵正义的可以取胜，巩固地位要靠财力。应该奉天子以令不臣，修耕植以畜军资，如此霸王之业可成!”
这时候，曹操正希望自己能有一天像齐桓公、晋文公那样做个霸主，听了毛玠一番话正合其意，按此策略今后要做的是一方面发展生产；另一方面要奉戴天子，使自己站在正义的一边。
此时留在东郡的家眷传来喜讯，怀胎十月的妾卞氏刚刚生下一子，这是卞氏生的第三子，也是曹操的第六个儿子，曹操闻听大喜，想到毛玠刚提出的“修耕植以畜军资”的策略，便把新出生的这个儿子命名为“曹植”。
得子之喜及未来发展策略的确定，曹操心情大好，决定按所定策略立即付诸行动，马上找来荀或商议，准备先与长安的朝廷取得联系，以获得朝廷对自己兖州牧地位的正式任命。
荀彧说自己的好友钟繇现在朝中为官，可以帮着打点李催、郭汜。这一说提醒了曹操，原来曹操的同乡好友丁冲，现也在长安皇帝身边为官，有此二人为内应，大事可成。
曹操立刻给皇帝写了奏表，找来心腹兖州从事王必交代一番，让他带了自己给丁冲的密信，以及荀彧给钟繇的密信，出使长安。王必这一去，使曹操走出了“奉天子以令不臣”的第一步，并在未来最终成就统一北方的霸业。
