法国战败之初，大多数法国人都认为这次战争不过是历史上无数次战争中的一次。过去法国打输过也打赢过，比如1870年的普法战争，德国人占领了巴黎，威廉一世还在凡尔赛宫加冕为皇帝。在那之后，法国割让东部的阿尔萨斯和洛林地区，德国人撤兵。
渐渐的法国人感觉出不同寻常的味道，德国人没有走，以副总理赖伐尔为首的国内亲德派与德国人越走越近，不断地出卖法国利益。法国人一直视贝当为民族英雄，希望他能够挽救法国，可就连老贝当自己也陷入苦闷。1941年8月，贝当通过广播坦言：“从法国好几个地方吹起了歪风，人们感到心神不宁，疑虑占据了他们的心灵。政府的诚信成了问题，命令不能贯彻，一种真正的焦虑冲击着法国人民。”
在这样的背景下，法国国内开始出现抵抗运动。至1941年底，在贝当政府控制的法国南部，“战斗”“解放”和“狙击手”三个抵抗组织已经颇具规模，成员超过万人。而在德国人控制的法国北部，情况要残酷得多，只要发现反德苗头，德国警察部队就会进行残酷镇压。1940年12月底成立的“国家公安委员会”，在成立不久就被德国人察觉，7名组织头部被处死。两个月后该组织重建，随即又被镇压。就这样反反复复，越来越多的人被处死，剩下的也被关进了集中营。
1941年底，法共组建“民族阵线”。由于有严格的组织纪律和多年地下斗争的经验，民族阵线得以生存和壮大，他们暗杀德国军官、破坏德军交通线，并逐渐将影响力扩大到整个法国。
随着自由法国的壮大，法国民众对他们的看法也发生改变，越来越多的人通过广播收听他们发布的讯息。据英国情报部门统计，至1942年6月，收听自由法国广播的法国民众人数在350万～400万之间。
戴高乐也在密切关注国内的动向，希望找到时机将国内的抵抗组织纳入自由法国的领导之下。起初本土抵抗组织并不信任戴高乐，认为他不过是昙花一现的“现象人物”。与此同时戴高乐也没有能力为本土抵抗组织提供资金和物资，所以在相当长的一段时间，自由法国和国内抵抗组织并没有联合在一起。
1941年10月，民族阵线在法国南特暗杀了一名德军军官，作为报复德国人将捕获的47名嫌犯全部枪杀，其中大部分是法共成员。戴高乐得知此事后，在10月23日的广播讲话中发出呼吁，要求法国人“全民抗德，但不要公开除掉德军”。他的本意是出于保护平民，但抵抗运动成员将其解读为指手画脚——如果不杀德国人，那么应该干什么？
消除误解最好的办法是加强沟通，戴高乐一直想物色一个合适人选，代表自由法国进入法国本土，加强与抵抗组织的沟通，消除彼此间的猜疑。可这样的人选一直找不到，戴高乐本属意掌管情报工作的帕西，后者在经历“逮捕米塞利耶”事件后，把情报工作干得有声有色，不仅成功渗透进法国本土，还在英国、美国政府层面建立了情报网。
不过戴高乐最终还是放弃了这个想法，帕西有能力，但资历不够，如果让他出面就会被抵抗运动成员视为轻视。
1941年10月，让·穆兰来到伦敦，加入自由法国。穆兰在战前是法国最年轻的省长，战败后他拒绝跟德国人合作，随即被投入监狱。为了免受侮辱，穆兰在狱中选择割喉自杀，但被抢救过来。德国人后来释放了穆兰，他回到普罗旺斯开了一家画廊，同时暗地里跟抵抗运动建立了联系。在取得一些进展后，穆兰潜入西班牙，然后在英国特工的帮助下来到伦敦。
1941年11月至12月间，戴高乐和穆兰进行了多次长谈，彼此给对方留下了深刻的印象。在戴高乐看来，穆兰就是自己要找的领导国内抵抗运动的那个人。他有资历、有声望、有能力，还有极好的口才。经过短期跳伞培训，穆兰将戴高乐的委任状藏在一个火柴盒里，于1942年1月1日空降到法国南部的阿尔斯，化名“雷克斯”（后改为“马克斯”）开展活动。
作为抵抗运动组织的一员，以及曾经遭受纳粹德国迫害的经历，穆兰与抵抗运动成员有一种天然的亲近感，局面也很快打开。与此同时戴高乐也让穆兰带去了自己的诚意——抵抗组织急缺的活动经费。
1942年3月，“北方解放”领导人皮诺被穆兰说服，前往伦敦面见戴高乐。后者在伦敦被戴高乐的个人魅力折服，宣布服从自由法国的领导。南方的局面也取得重大成果，穆兰将南方抵抗运动组织成功整合成一个委员会，以“一个战斗，一个领袖”为口号，统一开展活动。该委员会由三个分支机构组成，“秘密部队”是委员会核心，负责除了游击战以外的所有任务；“情报局”负责宣传，以及向伦敦方面汇报；“研究委员会”则负责制定战后计划。
皮诺返回法国后，起到了积极的示范作用。各抵抗组织领导人纷纷通过各种渠道赶赴伦敦，面见戴高乐。7月，最大的抵抗组织“民族阵线”委派安德烈·菲利普来到伦敦，被戴高乐任命为法兰西民族委员会内务委员。
1942年10月3日，戴高乐在伦敦召开“抵抗组织领导人会议”。会议持续了13天，最终一致认为一切抵抗力量都应该团结在法兰西民族委员会的周围。至此，自由法国对本土抵抗组织力量的领导权得以确立。会议期间，让·穆兰被推举为抵抗委员会主席，同时任命戴高乐的老朋友查尔斯·德莱斯特兰为秘密部队司令。
戴高乐跟自由法国海军司令米塞利耶的矛盾一直没有缓和。1941年12月，米塞利耶率领舰队收复了北美海外领地圣皮埃尔和密克隆群岛。次年2月他回到了伦敦。戴高乐亲自到机场迎接米塞利耶，在表示欢迎的同时，戴高乐建议米塞利耶应趁势收复非洲的马达加斯加。
在收复国土的问题上，戴高乐跟米塞利耶从未产生过分歧，二人的矛盾根源无非是权力争斗。所以米塞利耶赞成收复马达加斯加，可戴高乐又提出了一个想法——希望米塞利耶能够解决掉自由法国内部成员穆果克。这一次激起了米塞利耶心中的怒火，因为此人是米塞利耶的好友，也是几个月前“萨沃伊阴谋”期间支持米塞利耶的人之一。
1942年3月3日，米塞利耶在自由法国全国委员会第一次会议上突然提出辞呈。他给出的理由是在收复圣皮埃尔和密克隆群岛行动中，戴高乐欺骗了自己，也欺骗了英国人。他不仅要辞职，还会把自由法国海军带走。
戴高乐当即批准了米塞利耶的辞呈，同时重新任命奥布瓦诺和奥托利为海军司令和参谋长。余怒未消的戴高乐还启动司法程序，判处米塞利耶和原海军参谋长莫雷30天软禁，并提请英国方面执行这一判决。
自由法国一桩桩闹剧已经烦透了英国人，可又不得不一次次充当和事佬。外交大臣艾登、丘吉尔的外交助手卡多根，以及英国海军部纷纷出面说和，但戴高乐打定主意，决定弃用米塞利耶。
米塞利耶的底牌是他能够掌控海军，别人无法插手。为了给新任海军司令撑腰，戴高乐通过各种方式试图瓦解铁板一块的自由法国海军，但大多数高级军官都效忠米塞利耶，只有三名军官愿意接受戴高乐的领导。无奈之下他于3月11日要求英国秘密逮捕米塞利耶，可对方才不愿意插手法国人自家丑事。
戴高乐陷入了尴尬境地，甚至再次动了隐退的想法，并立下了政治遗嘱。
事情很快又有了转机，米塞利耶走了一步昏招，他在没有通知英国海军部的情况下于3月19日宣布自由法国海军罢工。英国误以为法国海军在兵变，所以立即做出防范措施。虽然误会很快澄清，但丘吉尔受够了法国人的恣意妄为，指示海军部终止与自由法国海军的一切往来。
米塞利耶明白自己彻底得罪了英国人，而且也是戴高乐的敌人，无奈之下他决定出走。为了展示政治胸怀，戴高乐以海军司令的职务挽留米塞利耶，但后者去意已决。
米塞利耶去了北非直布罗陀，后来投奔亨利·吉罗，一个战前就比戴高乐职务高，最近极受关注的人物。吉罗在战争爆发时担任法军第7集团军司令，上将军衔，戴高乐那时不过是第4装甲师的师长。吉罗在法国战役期间被德军俘虏，次年4月越狱，返回里昂加入抵抗组织。当年11月他来到英属直布罗陀，与盟军合作。
吉罗如果能早点出现，肯定是英国人取代戴高乐的合适人选，只可惜他没有赶上“孵化期”。即便如此他也被盟军收留了，以备日后不时之需。
戴高乐和米塞利耶决裂产生的直接影响是他们错过了收复非洲马达加斯加岛的时机。太平洋战争爆发后，德国希望日本能够出动舰队，从维希法国手里接管马达加斯加岛。以法国当时的窘境，这一点并不难做到。
英国人预见到了这种可能性。地中海航线有一个备用路线，即不走直布罗陀——地中海——苏伊士运河——红海，而是沿非洲大陆海岸线航行，绕过好望角往来大西洋和印度洋。在这条路线中，马达加斯加岛是一个重要枢纽，日本人如果控制住这里，就可以切断地中海备用航线。
1941年12月，戴高乐曾提出一个计划，动用英国海、空军和自由法国陆军攻占马达加斯加。丘吉尔有些犹豫，因为1940年9月两军曾采取联合行动夺取达喀尔，结果遭遇失败，他担心那一幕重演。
丘吉尔征求了罗斯福的意见，美国总统同意英国制定的计划，但他强调不要让戴高乐参与。1942年5月5日，英军的两个旅在马达加斯加的迪耶果——苏瓦雷斯港登陆。经过短暂的战斗占领该港口。在之后的几个月中，英军又两次实施两栖登陆，最终控制了整个马达加斯加岛。
戴高乐在5月5日凌晨获悉了英军的行动，恼怒之余他立即起草了一份言辞激烈的抗议书，递给了英国政府。英国外交大臣艾登出面负责解释，他给戴高乐的理由是不想让他为难，因为那会造成法国人打法国人的局面。戴高乐哪会相信这样的鬼话，他担心法国永远失去马达加斯加，所以要求英国发表一份公告，宣布法国继续拥有马达加斯加岛的管辖权。艾登口头上答应了，之后一直拖着不办。
心情压抑的戴高乐病倒了，医生检查不出他得了什么病，只能眼看着戴高乐病情越来越严重。幸运的是曾经担任雷诺私人医生的利舍维茨来到伦敦，他为戴高乐做了检查，得出了让众人放心的结论——恶性疟疾，加上长期精神紧张、吸烟过度、缺乏锻炼导致病情恶化。
找到了病因，对症下药，戴高乐的病很快就好了，但此时马达加斯加岛的局势已经无法逆转。
1942年5月，隆美尔在北非发起“威尼斯行动”，以13万人、600辆坦克和600架飞机向奥钦莱克指挥的英军发起进攻。隆美尔的主力绕过英军重兵把守的加扎拉防线，偷袭托布鲁克港以南40公里处的比尔哈凯姆要塞，驻守在这里的则是拥有4000人的法军第1步兵旅，指挥官就是最早投奔戴高乐的柯尼希准将。
第1旅坚守了10天，要塞水源被切断，他们又坚守了4天最后不得不撤出。此战更大的背景是英军于6月20日丢掉了托布鲁克，被迫向埃及边境撤退。
人们这才意识到自由法国已经变得强大，他们拥有7万人的军队，而且海陆空三军齐全。戴高乐在发给柯尼希的电报中说：“柯尼希将军，希望你知道并转告你的部队，全法国在注视着你们，你们是她的骄傲。”
1942年6月20日，自由法国在伦敦举行集会，纪念“六·一八宣言”发表两周年。7月14日，法国人再次举行纪念攻克巴士底狱集会，这一天“自由法国”改称“战斗法国”。
“比尔哈凯姆之战”结束后，华盛顿明显改变了对自由法国的态度。美国驻伦敦大使两次与戴高乐会面，商讨两军未来合作的总方向。他们在中非刚果设立了领事馆，向法兰西民族委员会派出了代表，若不是担心惹恼维希法国，他们还计划直接向自由法国派驻代表。
美国人的善意还不止于此。在美国国内，“自由法国周”在美国总统夫人埃莉诺的支持下成功举办。法国人经历的苦难和英勇赢得了美国民众的心，对自由法国表现出极大的热情。
其实美国人一系列操作是有目的性的。此时英美正在筹划开辟第二战场，陆军总长马歇尔和海军作战部长欧内斯特·金都倾向于在法国本土登陆，而要增加登陆成功的概率，就需要法国本土抵抗组织能够配合行动，所以戴高乐就是需要争取的重要人物。
7月13日，戴高乐应邀与马歇尔共进午餐。他原以为这是一次单独会面，到了那里他又看到了刚刚被任命为欧洲盟军总司令的艾森豪威尔等人。双方一番寒暄，然后落座就餐。戴高乐等着马歇尔切入主题，可知道用完餐也没有听到马歇尔再说过一句话。
不久之后他才弄清楚，美英已经放弃登陆法国的计划，改为登陆北非。实用主义的美国人毫不犹豫地甩了他。
“火炬计划”一直没有告知戴高乐，可盟军登陆的阿尔及利亚和摩洛哥都是法国的海外殖民地。丘吉尔对戴高乐有怨气，罗斯福则讨厌他，他们物色了一个在北非可以取代戴高乐的人选——亨利·吉罗。
戴高乐对此无可奈何，自由法国在北非没有影响力，自己的确不能为盟军提供帮助。不过吉罗也砸了自己的招牌，他向英美提出由自己担任火炬行动的总指挥，率领盟军登陆。吉罗的开价太高了，美国人请他出山是让其在盟军和维希法国之间担任调停角色，盟军不想把登陆变成一场血战。作为回报，罗斯福打算让吉罗接管被盟军解放的法国，从而遏制戴高乐和法国本土抵抗组织。
罗斯福给吉罗画了一张大饼，后者欣然赴任。1942年11月8日，盟军登陆北非。
戴高乐得知消息后，第一句话是“我真希望那些维希份子把他们赶下大海”。
当天中午，丘吉尔邀请戴高乐共进午餐。英国首相对戴高乐有一种复杂的感情，二人曾经共患难，彼此扶持、争斗走过了两年多的艰苦岁月。丘吉尔知道在“启用吉罗”这件事上亏欠戴高乐，席间他向戴高乐保证：总有一天我们将肩并肩携手行进在香榭丽舍大街上。
当晚，戴高乐发表广播讲话。在盛赞了盟军的英雄行动后，他发出呼吁：在北非的所有法国人拿起武器参加反对纳粹德国和维希政府的斗争中去——“让我们一道重返战斗，感谢法兰西，胜利属于我们！”
