崇祯十七年（1644）五月二日，李自成前脚刚撤离北京没几天，多尔衮后脚便率满清军队进驻北京。

看到一队队装束怪异、脑后还拖着根长辫子的“鞑子兵” 进占北京，明朝遗老遗少及京师绅民们惊愕不已，但他们已经无力抵抗，不得不俯首称臣或做个顺民。

之前大顺军的奸淫掳掠和追赃助饷政策，已经完全失去了京师官民之心，这座帝王之都，是无法为大顺朝而坚守了。

满清摄政王多尔衮比李自成目的更明确，也更有远见和策略。他以顺治帝的名义张榜安民，凡投诚官员，不论是前明的还是新顺的， 只要自愿剃发易服 ，一律委任原职，废除明末一切加征、苛役，并下令为崇祯帝服丧三日，以收买人心。上述政策除了让吏民剃发结辨令人难为情、有些抵触情绪外，其余各项新政都颇得人心，因而京师的社会秩序迅速稳定下来。随后，多尔衮将顺治帝爱新觉罗·福临从盛京迎来，北京城就成为了清王朝的都城。

多尔衮率八旗兵进京时， 勒令吴三桂及麾下关宁军不得随其入城，而是让他与清军一起继续尾追李自成军，务必悉数歼灭之。

李自成在山海关一片石之战大败亏输和放弃京师的消息传开后，原来归降大顺的明军将领又纷纷据城反叛。特别是那些所谓“传檄而定”的州县，仍然由归降明军官兵驻守，李自成根本没派大顺军去接防，有的只派去少量人马，甚至只象征性地派去一个守令。一旦形势有变，留守这些地方的归降明军立马反叛， 叛军所据州县也不再为大顺政权所拥有。

譬如《绥寇纪略》就记载说，涿州的明朝驻军原本已经献城归降了李自成，此地距离京师近在咫尺，按理说，大顺政权对该地的影响应该比较大。但当李自成率大顺军主力在当年5月1日撤至涿州时，原明军降将却率部将大顺政权委派的主官袭杀，旋即据城固守，紧闭城门不让大顺军入城。李自成大怒，督军猛攻，城上箭如雨下，砖石横飞，结果久攻不下，还损失了数百兵卒，自成本人也被流矢击中负伤。由于担心在后边紧追不舍的吴三桂军和清军，害怕追兵突然袭来，李自成只好放弃攻城，匆忙率军往南撤走。

话说李自成撤出北京后，先败于涿州城下，旋撤军南走，取道保定、真定，再穿越太行山 ，由井陉关进入山西。负责殿后的大将谷可成和明降将左光先在庆都、真定一带被尾追而至的吴军、清军赶上，旋即展开一场恶战，此时的大顺军早已没有当初进京时摧枯拉朽的锐气了，因连遭败绩，士气不振，加上官兵皆患上了“恐清症” ，一见“辫子兵”便惊呼“东兵来矣”！将士争相溃逃 ， 早先面对明军的心理优势早已荡然无存 。大顺后军与吴军、清军在庆都、真定等地连战数次，由于军心涣散，均遭失败，悍将谷可成战死，左光先受伤。

到了此时，李自成进京时那种威风八面的气势已经看不到了，如今简直成了惊弓之鸟，昔日横扫明军的大顺军将士也已畏清如虎， 大有风声鹤唳、草木皆兵之感，马不停蹄地昼夜兼程连连撤退，向山西太原狂奔而去，几乎得不到喘息的机会。

5月中旬大顺军主力撤至山西太原。此时，清军、吴三桂军在真定一带休整，暂时停止了追击大顺军，由于满清政权几乎没费太大力气就轻易占领了北京和京畿、北直隶大片地区，需要派兵驻守、设官治理，对此加以巩固，所以英亲王阿济格等人暂时放弃了对李自成的穷追猛打。这使李自成得到了一个十分难得的、短暂的喘息之机，他在太原留驻了十多天，大顺军将士也稍事得到了一段休整时间。

十余天后，李自成留明降将陈永福率一万兵马留守太原，他自己则率大军南进平阳，后辗转渡河进入陕西，不久撤回到西安。

七月上旬，大顺军在山西、河北发起了一系列的反击作战，虽然取得了一些进展，收复了一些失地， 但最终均被清军击退。

九月中旬，固山额真叶臣率八旗劲旅由固关进逼太原城下，陈永福督军固守，旋即展开了一场激烈的攻防战。由于陈永福防守严密，抵抗顽强，清军在攻城时死伤惨重，一时无机可乘。（铁马冰河wu作品）于是固山额真叶臣调来许多尊“西洋神炮”，集中火力猛轰太原城西北角，将城墙轰塌数十丈，大批清军沿缺口蜂拥而入。大顺军虽拼死迎战，但抵挡不住，陈永福见大势已去，就率残军往西南方向撤去。当大顺守军从东门突围后，又遭清军伏击，将士措手不及，伤亡惨重。大顺军在突围南撤的过程中，屡遭清军截杀，陈永福和节度使韩文铨都先后战死，巡抚李若星带残余兵士投降了清军。

十月，爱新觉罗·福临在北京正式登基称帝，君临天下。清廷任英亲王阿济格为靖远大将军，率吴三桂、尚可喜等部自陕北渡黄河进攻关中；任豫亲王多铎为定国大将军，率八旗大军南下河南，自潼关威胁关中，对李自成集团形成夹击之势。

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