当1940年6月10日意大利对法国宣战的时候，他就彻底站到了英法的对立面。当1940年底意大利兵败北非和希腊的时候，他就彻底把意大利变成了德国的附庸。从此之后，意大利在军事和外交上完全依附在德国的身上。
意大利军队不再独立作战，而是编入德军的战斗序列。在东线，意大利第8集团军隶属于德军南方集团军群；在巴尔干，意军受德军E集团军群节制；在北非，德意联军虽然名义上归墨索里尼指挥，可军团指挥官隆美尔从来就不会听从他的命令。
1942年夏，隆美尔在北非频频得手。6月20日，德意联军攻陷托布鲁克，俘虏英军近3万人。隆美尔因此获得元帅军衔，墨索里尼也给意军总长卡瓦莱罗晋升元帅军衔。他亲赴北非利比亚，在那里逗留了3个星期，墨索里尼希望德意联军攻下亚历山大港和开罗时，自己能第一时间出现在那里。届时他准备宣布新罗马帝国已经成立了。
然而墨索里尼没有看到非洲军团攻入亚历山大的那一刻，无奈之下他留下自己的行李返回罗马。临别前他告诉众人，他很快就会回来。然而北非的战事在不久后就急转直下。11月初，非洲军团打输了阿拉曼战役，开始向突尼斯撤退。11月8日，盟军在摩洛哥、阿尔及利亚登陆。同一时间，意大利第8集团军在斯大林格勒几乎被全歼。一连串的失利让墨索里尼异常焦虑，他和希特勒患上了同样的疾病－胃痉挛。
危险不仅仅来自战场，意大利国内也已经怨声载道、危机四伏。意大利经济贫弱，自1930年开始财政预算就从来没有平衡过。不过财政的亏空并不大，通过发行小规模债券还能弥补缺口。到了1943年春，因为滥发货币、公债，里拉大幅贬值，国债的规模已经达到一万亿里拉，是国民收入的9倍。由于盟国的封锁，意大利所需的80%橡胶、70%谷物和40%木材来源被切断，民营工业陷入瘫痪。
对国民生活影响最大的是粮食短缺，自1941年起，每人每天的面包供应量是200克，干重活的可以得到300至400克。到了1943年初，每人每天的面包供应降至150克。许多意大利人把皮带勒到最后一个孔眼，人们把这个孔眼称为“墨索里尼孔眼”。
令墨索里尼难堪的是，他的情妇克拉拉·佩塔奇家族在国内大搞投机生意，倒卖黄金，胡作非为。墨索里尼的妻子蕾切尔·圭迪醋意大发，不顾总理夫人的身份，打扮成泥瓦匠、平民妇女，像侦探一样到处打听克拉拉的行踪。在民众和官员中，墨索里尼的绯闻和家事成为一桩巨大的丑闻，这让领袖的形象一落千丈。
意大利的政府高官也对墨索里尼越来越不满。教育大臣博塔伊说：“领袖的智力和体力都已衰退，他再也吸引不住我了。”被墨索里尼整过的格兰迪说：“我不知道我是怎样假装了20年法西斯主义者的。”已经于1940年阵亡的巴尔博曾称墨索里尼是“梅毒的产物”，当时博塔伊还为后者辩护，现在他承认那“至少接近事实”。就连墨索里尼的女婿，意大利外长齐亚诺也抱怨道：“他受恶棍（指希勒特）的欺骗，恶棍同他打交道总是成功的。”
除了党内同僚的抱怨，法西斯党众数量也急剧下降。1940年3月时，意大利法西斯党员人数为330万人，到了1943年3月，人数降为130万人。饿着肚子的民众已经提不起兴趣听墨索里尼的演讲了。
在军队，投降似乎是家常便饭。在非洲的一场战斗中，4000意军战死2人，负伤4人，其余全部向英军投降。另外一次战斗中，677人战死，向英军投降的则有1万多人。在东线，许多士兵宁愿选择自杀，也不肯重返前线。
为了威慑离心离德的民众，墨索里尼下令对逃脱兵役的人处以极刑。斯大林格勒战役结束后，他将责任推给军队和外交，1943年1月30日，意军总参谋长卡瓦莱罗被解职。2月7日，外长齐亚诺被解职。他安抚自己的女婿：“休息一段时间，将来还有你的机会。”
1943年1月28日，英、法、美在卡萨布兰卡会议上宣布：摧毁德国、日本和意大利的战争威力。这是盟国首次正式公开要求轴心国家无条件投降。不久之后，盟军在北非将非洲军团合围在突尼斯一角，距离被全歼的日子已经不远了。
4月7日，无限惆怅的墨索里尼前往贝希特斯加登会晤希特勒。后者依旧习惯自我独白，墨索里尼则坐在那一声不吭。好不容易插上话，他讲出了自己此行的目的，劝说希特勒和俄国人和谈，然后腾出手来全力对付西方。希特勒老调重弹，强调德国的优势和敌方的劣势，然后强调自己一定会胜利。最终，这次出访什么问题都没有解决。
7月10日，盟军在西西里登陆，并迅速向岛内推进。7月19日，墨索里尼和希特勒在意大利北部再次会晤。据事后希特勒的翻译施密特回忆，希特勒当着一众意大利将领的面呵斥了墨索里尼一顿。他要求墨索里尼务必打下去，“不能将任务留给下一代”。
也就在这一天，盟军500架飞机空袭罗马，投弹1000吨，造成2000人死亡，就连埃马努埃莱三世的皇宫也未能幸免。这次空袭给罗马人造成了极大的冲击，一场密谋也随即付诸实施。
一回到罗马，墨索里尼就感觉到气氛不对。他的妻子圭迪说巴多利奥和格兰迪在策划一场推翻领袖的阴谋，一起参加密谋的还包括教育大臣博塔伊和他们的女婿齐亚诺。这些人打算“让领袖倒向盟国”，如果不从就会杀了他。
墨索里尼对妻子的话将信将疑，他不愿意相信自己昔日的“亲密战友”会背叛他。所以即便格兰迪等人提出重开“法西斯大委员会”他也毫无戒心地前去赴会。7月24日一早，墨索里尼准备好开会的有关文件。当天下午4时40分，他提着公文包走进会场，然后像往日那样开始发言。他指责军队不服从指挥，没有德国军队那种殊死抵抗的意志云云。
他发言结束后，齐亚诺、格兰迪等人相继发言，众人重申“忠于领袖、忠于法西斯党，愿意继续打下去”的话。会议的进程并没有和平时有什么不同，直到法西斯党前书记法里纳奇的发言才步入正题。他说：“你歪曲并抛弃了法西斯主义早期的光辉思想！”
法里纳奇一开头，批评声音就不可阻挡了。教育大臣博塔伊说：“战争打输了，因为你把自己和其他领导人孤立起来了。”格兰迪站起来说：“独裁的方法失败了，你不但远离公众舆论，还把意大利带到了灾难时代。今后应该恢复国王被剥夺的某些权力。”最后他带着感情对墨索里尼说：“领袖，我们都是一条船上的人，听听忠诚的战友们发自肺腑的呼声吧！让我们有机会与您分担责任，同存共亡。”
众人指责墨索里尼的时候，他一言不发。会议进行了9个多小时，最后他宣布对会上提出的议案举手表决。第一个议案是格兰迪提出的“把三军权力交还给国王”，这就是后来所谓的《格兰迪动议》。让墨索里尼意外的是，这份议案以19票赞成、7票反对、1票弃权获得通过。墨索里尼气得脸色发青，没有进行会议后面的表决，他突然站起身来说：“你们制造了危机，你们毁灭了法西斯主义，散会！”
会议结束后，墨索里尼回到了家，妻子圭迪已经知道了会议的情况。他对墨索里尼说：“我想，你已经把他们都统统抓起来了吧？”墨索里尼摇摇头，表示明天一早就逮捕他们。
第二天一早，墨索里尼就给皇宫打电话，要求面见国王埃马努埃莱三世。过了一会儿，皇宫传来消息，让他在下午5点觐见国王。据墨索里尼事后回忆，当他走到门口时就发现一旁停着一辆救护车，他以为是谁生病了，还祈祷不要病得很重。
墨索里尼与国王的会谈仅持续了20分钟，国王说：“我亲爱的领袖，再这样下去不行了。意大利处境很难，军队被彻底打败了，士兵也不愿意再打仗。现在你是意大利最令人憎恨的人，你眼下没剩下一个朋友，只有一个人还是你的朋友，那就是我。因此你不必为你的安全担忧，我已经任命巴多利奥接替政府首脑的职务，他会组织自己的阁员治理国家并继续战斗。”
墨索里尼试图为自己辩解，但没说几句话国王就站起身来送他出门。当走到门口的时候，一名中尉拿着卡宾枪走到墨索里尼面前，将他塞进门口的那辆救护车，然后在数十名士兵的护送下离开皇宫。
时间拨回到“法西斯大委员会”会议刚刚结束后，墨索里尼返回家中，而与会的格兰迪去拜访了国王。他汇报了开会的详情，要求国王出面干预。埃马努埃莱三世这次下决心搬掉这块石头，下令在皇宫设伏，将墨索里尼逮捕。墨索里尼就这样失去了权力，过程中没有一个人为他鸣不平，连一声狗叫都没听到。
关押墨索里尼让巴多利奥等人费了不少心思，他先是被关在一座兵营里，当天晚上又被送到一所步兵学校。医生给他检查了身体，然后允许他给妻子写一封信。他在信中让圭迪给自己带些吃的和衣服，因为自己出门时什么都没带，关押他的地方也不给他提供。
圭迪对送信的人发了一通脾气，斥责他们不应该这样对待领袖，她最后还是给丈夫准备了一些应用之物，包括：几条手帕、一双袜子、一条领带、几件衣服、一只烧鸡、一瓶油、西红柿烧鱼和水果。另外还给他带去了一本《耶稣的永生》，这是墨索里尼最近放在床头的书。
拿到这些东西后，墨索里尼被押送到蓬查岛，几天后又转移到距离撒丁岛不远的马达莱纳岛，由100多名士兵看押。8月26日傍晚，一架德国飞机来到岛上盘旋，墨索里尼此时刚好在平台上乘凉，显然德国人找到了他。8月29日，墨索里尼被押回本土，然后塞进一辆车里，偷偷地被送到了海拔2000多米的萨索山峰上的一家旅馆。
墨索里尼消失在公众视野后，意大利国内局势发生巨变。巴多利奥重新组阁，亲手关闭了“法西斯大委员会”。格兰迪逃往葡萄牙，齐亚诺逃到西班牙，之后又跑去慕尼黑。7月28日，新政府发表第一份声明，宣布继续和德国一道作战，不过包括盟国和希特勒都清楚，这不过是巴多利奥的缓兵之计。
8月初，巴多利奥的特使秘密与盟军代表接触，试探意大利投降事宜。丘吉尔的态度比较暧昧，他在下议院讲话中说：“摧毁意大利国家的整个结构，不让其表达自己的意志是错误的。”但罗斯福的态度没有改变，他说：“我们对意大利的条件仍然同我们对德国和日本的条件一样，那就是无条件投降。我们决不以任何方法、形式和态度同法西斯打交道，绝不允许法西斯残余遗留下来。在这之后意大利将重建自己的国家，但这是意大利人民的事。”
8月16日，盟军攻占西西里岛的墨西拿。9月3日，意大利签署向盟军投降的简要条款。9月8日，盟军在意大利本土登陆，当天意大利正式宣布无条件投降并退出战争。
希特勒得知墨索里尼被捕后，立即命令在意大利本土以及各地的德军做好准备，一旦意大利“投敌”就立即占领罗马，控制意大利全境，并解除各地所有意大利军队的武装。同时他命令德军南线总司令凯塞林尽快查清墨索里尼的下落。
当墨索里尼被关押在马达莱纳岛时，希姆莱已经发现了墨索里尼的踪迹，但救援行动还没开始，墨索里尼就被转移了。墨索里尼被关押在萨索山峰之后不久，德国又一次侦察到了他的下落。9月10日，德军的一支特别行动队在斯科尔兹内的率领下，乘坐12架滑翔机在萨索山峰降落，随同他们一同前来的还有一个意大利将军人质。
飞机降落后，德军行动队押着意大利将军向旅馆靠近，还大声喊道：“不要开枪！不要开枪！”墨索里尼站在房间的窗口，看清楚是德国伞兵后，也让看押他的士兵不要抵抗。就这样，墨索里尼被德军行动队顺利接走。
墨索里尼在德军的护送下回到罗马，然后转至维罗纳，最后他来到慕尼黑，妻子圭迪已经在那里等候。9月14日，墨索里尼前往贝希特斯加登，在那里见到了希特勒。
希特勒发现自己的盟友已经垮掉了，就像一个赌徒输掉了身上所有的筹码。但为了守住意大利北部，阻止盟军从南线攻入欧洲腹地，他还需要墨索里尼出来支撑局面。
墨索里尼已经没有任何同希特勒讨价还价的资本，他提出去罗马尼亚避难，在遭到希特勒的拒绝后，立即收回了自己的请求。9月15日，墨索里尼宣布成立“意大利社会共和国”，内阁成员是这段时间逃到德国的前法西斯头目临时拼凑的。新政府名义首都设在罗马，可那里已经靠近前线，而且局势非常不稳定。墨索里尼和他的办公机构被安排在意大利北部城市维罗纳附近的小镇萨罗，安保工作交由德军负责，这个新成立的傀儡政权也被戏称为“萨罗共和国”。墨索里尼曾提出重新组建意大利军队，但希特勒对他的军队已经失望透顶，名正言顺的军队还成批地投降，这种傀儡政府的军队只会徒劳地给盟军运送武器。
从此之后，墨索里尼过上了醉生梦死的生活。应他的要求，情妇克拉拉·佩塔奇也来到了他的身边，就住在距离墨索里尼几英里远的地方。德国人的礼遇没有持续多久，德国战时军备部长在意大利设置了一个派出机构，他们对萨罗共和国施行全面经济控制，大批粮食、牲畜、工业品、机器都被运往德国。工厂里的设备、船舶和银行里的黄金储备也被搜刮一空。
墨索里尼把他最初的事业《意大利民报》卖掉了，得到的钱留给了妻子和尚在年幼的孩子。他一共有六个孩子，一个是当年和第一个情妇达尔塞所生，后死于1942年。他和圭迪生下了五个孩子，长女嫁给了齐亚诺；长子维多利奥是一名飞行员，此时已经移居南美洲；次子布鲁诺于1941年试飞时丧命；幼子和幼女罗马诺和玛利亚则跟着圭迪生活。
女婿齐亚诺是他与希特勒博弈的牺牲品。墨索里尼成为傀儡之后，德国人要求处死齐亚诺。墨索里尼也曾对7月24日那天的会议中，齐亚诺伙同他人落井下石耿耿于怀，但看在女儿的份儿上，他已经原谅了齐亚诺。
德国人不想放过他，10月19日，齐亚诺从慕尼黑飞往维罗纳，一下飞机就被警察逮捕。1944年1月7日，维罗纳法庭审理齐亚诺、德·博诺等人。10日，法庭宣布他们死刑并于次日执行。
1944年7月20日，墨索里尼应约前往东普鲁士的狼穴，他在那里见到了刚刚遇刺受伤的希特勒，这是两个人最后一次见面。希特勒说是上帝拯救了他的性命，墨索里尼赶紧附和道：“我们的处境不妙，几乎可以说没有希望了，但今天这件事给了我新的勇气。”
二人寄托在神明那里的希望没有实现。至1944年秋天，德军虽然守住了意大利北部，可在萨罗共和国控制的地区，意共领导的加里波第纵队已经形成了15个游击区。经过漫长的冬季后，加里波第纵队已经控制了一批意大利北部城市，墨索里尼连傀儡都要做不成了。
在战争末期，墨索里尼面临着生死考验，求生的本能让他必须采取行动。4月17日，他对妻子圭迪说自己要去一趟米兰，和当地的主教舒斯泰尔会面，目的是和意大利民族解放委员会和解。圭迪劝他不要去，米兰已经不安全，眼下在他们居住的加尔纳诺有德国党卫军负责警卫，所以会更安全一些。
墨索里尼没有听从妻子的劝告，他无限眷恋地走出了家门，然后驱车赶往米兰。他的情妇卡拉拉闻讯后，也乘车追了上来。墨索里尼在米兰见到了那位主教，可没有达成目的。4月23日，他在米兰给圭迪打了一个电话，说回加尔纳诺的路被切断，已经回不去了。他让圭迪收拾一下，到蒙查去与他会合。
4月24日，来到蒙查的圭迪没有等来丈夫，但是见到了墨索里尼的秘书，后者已经两天没有吃过东西，圭迪递给他几块饼干和一碗汤。这天晚上，圭迪接到了墨索里尼的电话，让她带着孩子去科摩。
25日，墨索里尼一行乘坐30多辆汽车，由德国的装甲车开道向科摩方向奔去，在临行前，他听信了当地法西斯头目和萨罗共和国国防部长格拉齐亚尼的话，以为那里有几千名党徒可以保卫领袖。结果一行人到达那里后，发现只有几十个人聚集在那里，格拉齐亚尼等人早已经逃之夭夭。
也就在这一晚，他在科摩给妻子写了一封绝笔信，信中说：“我们要永别了。我恳求你忘掉我无意间伤害过你的过错……你一定要想办法去瑞士，当局不会拒绝你入境，因为过去我一直在帮他们，何况事实上你不曾卷入任何政治漩涡。如果他们不允许你入境，你就向盟军投降，他们会比意大利人更宽宏大量……”
4月26日晚，这封信交到了圭迪的手里。她想追上墨索里尼，于是抓起电话试图联系上自己的丈夫。电话奇迹般地打通了，墨索里尼告诉她，身边的随从都跑光了，只有几个德国军人在保护他，他自己也打算越过边境到瑞士去，所以让圭迪务必听从自己的话，领着孩子去瑞士。
放下电话后，墨索里尼连夜向北逃，途中他们打开收音机，听到了意共领导人隆哥发布的命令，他下令意共所属“加里波第纵队”全体出动，搜捕正在逃亡的独裁者。墨索里尼吓得赶紧继续赶路，不久之后他们停下车询问一个当地人，得知周围全是游击队。于是他换乘一辆装甲车继续逃跑。
4月27日，一行人遇到了一队德国军队，他们正打算从意大利撤往奥地利。墨索里尼一行人加入了这支队伍，但不久他们遇到了意共游击队的阻击。这支游击队的番号是第52旅，指挥官叫彼得罗。其实第52旅的人数很有限，他们无力对付德军，但彼得罗要求队员全力阻击，以便让不远处的另一支队伍运来炸药，炸掉德军去路上的一座桥梁。
德军很清楚战争马上要结束了，所以也无心恋战。他们派出代表与游击队谈判，在僵持了5个多小时后，彼得罗宣布：可以放德军通过，但混在队伍里的意大利法西斯成员必须缴械投降。德军指挥官来到墨索里尼身边，让他穿上德军制服，他希望这样能够把墨索里尼一并带走。然后他找到彼得罗，同意了游击队的条件。
游击队开始逐个检查德军的证件，一名游击队员在检查后面一辆车时，看到一个胖子正靠着挡板躺着。他向那个人索要证件时，车上所有人的神情很紧张，对这名队员称那个人已经喝醉了。游击队员拉了一下对方遮挡住脸部的衣领，一眼就认出了墨索里尼，但他装作不认识，悄悄走到彼得罗身边报告。
众人来到那辆车子前，命令装睡的墨索里尼下车，可他蜷缩着身子一动不动。当游击队员喊出墨索里尼的名字时，同车的德国兵都跳下车，以免自己受到牵连。大家把墨索里尼从车上拽下来，此时他已经吓得瑟瑟发抖，语无伦次了。
彼得罗对他说：“我们以意大利人民的名义宣布，你已被捕！”
押走墨索里尼后，游击队员们还发现了两名年轻漂亮的女性。他们拒绝透露自己的身份，但很快就证实其中一人是克拉拉·佩塔奇。随同二人被捕的还有17名意大利法西斯重要成员。
押解墨索里尼等人回米兰是秘密进行的。4月27日晚，一行人在阿扎诺镇的一处农舍住下。4月28日清晨，加里波第纵队总指挥部委派瓦莱利奥上校赶往阿扎诺镇。他们在出发前已经接到命令——就地处决墨索里尼。
瓦莱利奥在途中就选好了行刑地点，公路旁一处果园。他见到墨索里尼后，向后者宣读了判决书：“根据自由志愿兵团总指挥部命令，我受命以意大利人民的名义来执行这个判决。”
墨索里尼没有搞清楚判决书的意思，直到枪口对准他时才知道自己已经被判处死刑。瓦莱利奥举起一支自动步枪扣动了扳机，可枪声没有响起，子弹卡住了。他转动了一下枪栓，依然打不响。于是他扔掉自动步枪，掏出自己的手枪对准墨索里尼，可手枪也卡住了。这时四周像死一般沉寂，空气都凝住了。
瓦莱利奥喊来彼得罗，后者又递给他一支自动步枪，瓦莱利奥抬起枪就打出了5发子弹，墨索里尼应声跪倒在地，身体倚靠在墙边。这时他还没有死，瓦莱利奥走上前又补射了一排子弹，墨索里尼一命呜呼。
此时克拉拉·佩塔奇已经完全失去了理智，她疯疯癫癫地乱喊乱叫，瓦莱利奥随即也给了她一排子弹。接下来瓦莱利奥宣读了其余17名罪犯的判决书，然后将他们一一枪决。
众人的尸体被运到米兰，愤怒的人群把他们倒挂在一处加油站的木架上。一位不知道姓名的人走上前，把克拉拉的裙子束起来，在她的膝盖位置系上扣，以便遮挡住她的私密位置，他希望这位只有33岁的女性在死后能够体面一些。
作为法西斯的鼻祖，作为统治意大利20年的独裁者，墨索里尼就这样结束了自己62岁的生命。他的死罪有应得，因为他是一位暴君，一位侵略者。不过相比于德国和日本的那两位战争罪魁祸首，墨索里尼算不上是一位恶魔。
