天京陷落后，太平天国政权实际已不复存在，但仍有太平军余部分散于各地坚持战斗，当然，这种状态已不是为天国理想而战了，而是为生存而战。
天国覆灭后，太平军余部尚有两大支比较完整的武装力量， 一支是扶王陈得才所率的西北远征军，彼时为救援天京已转战至鄂东一带，另一支是驻军浙江湖州的堵王黄文金部和盘踞在江西的使王李世贤部、康王汪海洋部。陈得才的“江北军”约有20余万人马，黄文金、李世贤、王海洋的“江南军”合起来亦有数十万人。
陈得才、梁成富、蓝成春、邱远才、赖文光等，自咸丰十一年（1861）奉英王陈玉成之命率军远征西北，至同治二年（1863），这支远征军已经转战湖北、河南、陕西三省，因沿途不断招兵买马，所部已经扩充至20余万人，声势颇壮，并与正武装暴动的关中回民军相互呼应，攻占了陕南汉中及附近各州县。
1864（同治3年）年正月，湘军围攻天京正急，正屯踞陕南的陈得才闻讯，立即兵分三路东返，欲回救天京。启王梁成富所率的中路军途中遭遇清军阻击，被迫折返陕西，如此一来，3路大军只剩两路。幸运的是，捻军首领张宗禹率师来会，弥补了梁成富离去的损失。
清朝名将、科尔沁郡王僧格林沁率领剽悍的满蒙骑兵以及河南、安徽绿营兵勇，湖广总督官文率黑龙江索伦马队和湘军水陆师合力围追堵截，阻抗陈得才等东进的步伐。（头条铁马冰河wu作品）同年3月至7月间，太平军与清军相持于湖北应山、随州、黄州、麻城、罗田、蕲水、英山等地，后几番交手，互有胜负。
之后，陈得才等军虽然一度攻至安徽六安、霍山一带，与清军展开激战，曾经取得击败旗营马队、阵斩都统舒通额的不错战绩，张宗禹的捻军也歼灭了索伦悍将多隆阿麾下的“飞虎军”，提督石清吉及副将江兴南、谷明发、游击曾占彪、段会元等皆被击毙，但曾国藩所派的援军迅速开至，陈得才等见局势不利，且天京已经沦陷，全军失去了效忠目标，不知为谁而战，不知往何处去，士气低落。
10月，僧格林沁大军在霍山一带将陈得才军分割包围，天将马融和、范启发、范立川等各领所部约20万人投降清军 ，陈得才顿觉大势已去， 又听说身边有将士正密谋策划欲把他擒送清军，走投无路间愤然服毒自尽。陈得才自杀后，其未降之余部西走 ，投奔赖文光、张宗禹，后往北进入河南。
幼天王洪天贵福等自天京突围而出后，途中与李秀成失联，后由干王洪仁玕、堵王黄文金等迎入湖州。但湖州并非久恋之地。原来，自当年3月以来，湖州城就一直被左宗棠的楚军和李鸿章的淮军合力围攻，并不安全。洪仁玕决定转往江西，那里有李世贤、汪海洋的数十万兵马，会合李、汪后，再设法联络陈得才，以图谋再举。
7月初，洪仁玕 等护送幼主至广德；7月下旬，黄文金放弃湖州赶来会合，众人簇拥幼天王经安徽、浙江边境，于8月下旬辗转抵达江西铅山、玉山等地，这里与李世贤的根据地近在咫尺。但此时江西战场形势已经大变。（头条铁马冰河wu作品）头年末，李世贤按李秀成部署，率部屯扎赣省，准备待秋收后蓄积足够粮食，再回救天京。不久，从杭州突围出来的陈炳文、汪海洋也率部来到江西。曾国藩则派杨载福督领湘军水师以及鲍超的霆军援赣。
1864年春夏之交，双方在弋阳、金溪、抚州、崇仁、南丰一带展开恶战，经反复拉锯，太平军逐渐不支。6月，鲍超部在抚州大败汪海洋、谭体元、黄文英等部，不久陈炳文兵败率所部6万人投降。日益势单力孤的李世贤、汪海洋等，被迫南撤至新城、南丰一带。
当幼天王一行到江西境内时，李世贤等已经带残兵败将转移到粤赣交界处的万山丛中去了。这样，幼天王等人就成了四面皆敌的“困兽”，再加上富有军事经验的堵王黄文金在转移途中病重而死，无得力大将指挥脱困，这支孤军处境益发险恶。
9月初，护送幼天王的这支孤军由江西新城匆匆南走，旋即在石城一带被 尾追而至的湘军席宝田部赶上，太平军将士稍事抵抗即一哄而散，洪仁玕等被俘，几天后，藏匿山中的幼天王洪天贵福也被擒获。 据记载，为了抢夺太平天国幼天王洪天贵福这块“肥肉”，湘军席宝田部和楚军王开琳、王开化部以及沈葆桢的赣军差点火拼 ，可见这是一桩多么大的功劳啊！后来，护送幼主这支孤军的残余人马由偕王谭体元带领南窜投奔汪海洋 。10月，幼天王洪天贵福和干王洪仁玕被江西巡抚沈葆桢凌迟处死于南昌。
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