明代“太医院”是国家医药行政管理机构，也是皇室医疗单位，负有国家医学教育、医学人才考试选拔、祭祀名医、医官的任免与派遗等功能，并有奉旨诊视皇族大臣疾病的任务。

明代的医学分科大部分与元代相同，设置十三科，即大方脉、伤寒、妇人、小方脉、口齿、咽喉、眼科、疮疡、接骨、金镞、针灸、按摩、祝由。上述分科与元代比较，主要变动是：①风科改为伤寒；②口齿兼咽喉一分为二，成为口齿、咽喉两科；③正骨兼金镞也分成接骨、金镞两科；④杂科改为按摩，取消了禁科，较前代更适合临床需要。太医院要求御医各专一种，每科由一到数名御医或吏目掌管，下属有医士或医生。

御药局是专为皇帝服务的御用的药事机构，主要任务是监制御用药饵，兼管收储各地进贡的各类药材及各种成药的加工制备，它与太医院相辅。1373年（洪武六年）后设“御医”，御医每天分两班在内府御药房值班，为皇帝及内宫嫔妃服务。御医由太医院医官担任，需轮流值班。后改设御药房，由提监、太监理事，分两班掌管御用药饵。此外，还设有专为皇太子服务的东宫典药局。

明代的医学教育，主要是家传及师徒传授。太医院的医学生则是由医家子弟选入，称为“医丁”；同时还从各地的医官、医士中挑选保送到“太医院”考试，合格者选入。“太医院”的医官、医生，各人选定专科学习，教科书主要为《素问》、《难经》、《本草》、《脉经》、《脉诀》及本专科的重要方书。每年分四季考试，三年大考一次。考试方式为笔写与口答。考试成绩一等者为医士，二等为医生。不及格者可补考，如仍不及格，黜免为民。外访保举医士，以补充太医院，是保证太医院医官质量的一项重要措施。很多名医都曾被举荐到太医院，戴思恭、楼英、薛铠、李时珍、龚廷贤、薛己、徐春甫、吴崑、马莳等也曾任职于太医院。

明代府、州、县均设专职医生，府设医学正科1人，州设典科1人，县设训科1人，负责辖区的医药卫生行政和医学教育。各地还设有惠民药局、养济院和安乐堂。明代袭宋之旧制，在南北两京及各府、州、县均设地方惠民药局，作为平民诊病买药的官方机构，掌管贮备药物、调制成药等事务。遇疫病流行，有时也免费提供药物散发。

在卫生预防方面，由于明代采矿、冶炼、纺织、印染诸业的发展，使职业病较前代猛增，引起医家的重视，薛己在《内科摘要》中明确提出银中毒是银匠经常接触冶炼物质所致，提出用药“煎汤渍手”，以预防治疗，《本草纲目》记载铅中毒是因为工人在铅矿井中连月不出所致。砒有巨毒，宋应星、李时珍都强调炼制时应严密封固。《天工开物》更提出烧砷工人2年后即改业的建议。

关于病案记载方面，早在《周礼》所谈到医疗考核制度时可能已经有了，只是没有具体的记录流传下来。《史记》记载了淳于意的25例诊籍，虽然有了病案形式的记录，但其规格不一，且所记项目也不全面。至明代，则制定了记录详细、项目固定的病案格式。1522年，韩愗在《韩氏医通》里提出病案应包括“六法兼施”的内容，即：望形色、闻声音、问情状、切脉理、论病原、治方术六大部分，具体项目有三十余项，制定了较详细的病案格式。1584年，吴昆依据韩愗的格式加以修改补充，在《脉语》书中，对病案格式加入了“个人基本情况”大项，至此七大部分内容参考沿用至今。

明代中后期考据之风气盛行，不少医家对重要的古典医籍进行了大量的考证与注释工作，其中比较著名的有：马莳将《素问》、《灵枢》重新分卷并加以注释，于1586年编注成《黄帝内经素问注证发微》与《黄帝内经灵枢注证发微》各九卷，后者是《灵枢》的最早全注本。1672年张志聪的《黄帝内经素问灵枢集注》，使《内经》的不少疑难问题得到了阐明。张景岳将《内经》原文，根据其性质，“以类相从”，于1624年编成《类经》，后编撰《类经图翼》与《类经附翼》，以图解与论述，对《类经》进行了补充。李中梓从由博返约的要求出发，于1642年编成《内经知要》，内容简要，条理较消楚。1501年张世贤的《图注八十一难经》，采用图解形式注释难经，对理解原文有一定帮助。1589年方有执的《伤寒论条辨》，是其用二十年时间研究《伤寒论》原文加考订注释，重新编著，重点突出，易于初学，是《伤寒论》注释著作中较有影响的一种。其他如陶华《伤寒六书》，陈长卿《伤寒五法》，王肯堂《伤寒准绳》，皇甫中《伤寒指掌》，戈维成《伤寒补天石》，叶允仁《伤寒指南书》均是各自理论结合临床实践，有其独到见解，对学习《伤寒论》都有一定启示。赵以德的《金匮方论衍义》是现存最早的《金匮》注本，后世《金匮》注本，多引录赵氏见解，后人称赞本书“理明学博，意用虑审”。

明代名医名著甚多，尤以嘉靖、万历年间为著，且大多留存可究。

1368年王履著《医经溯洄集》；

1384年徐彦纯著《本草发挥》；

1406年朱橚等著《救荒本草》、《普济方》约成于此时。

1403~1408年编成的大型类书《永乐大典》，其中收载明代以前的医书甚多；

1442年冷谦撰《修龄要旨》；

1443年明太医院复刻《铜人腧穴针灸图经》，并铸造针灸铜人；

1445年朝鲜金礼蒙等编成《医方类聚》，书中收录元明以前中国医书百余种；

1476年兰茂《滇南本草》约成书于此时；

1492年王纶著《本草集要》；

1513年李濂著《医史》编录了明代以前的名医共七十二人；

1529年高武著《针灸聚英发挥》刊行，薛己著《内科摘要》、《正体类要》、《薛氏医室》。

1549年王纶著《明医杂著》等刊行；

1549年江瓘著《名医类案》；

1550年沈之问著《解围元薮》；

1554年薛己著《疠疡机要》；

1556年徐春甫著《古今医统大全》，后在顺天府组织成立“一体堂宅仁医会”，是历史上第一个有据可查的民间医学学术研究社团，先后参加者有46人；

1565年楼英著《医学纲目》，陈嘉谟著《本草蒙筌》；

1575年李梃著《医学入门》；

1578年李时珍编成《本草纲目》，总结了16世纪以前我国人民的用药经验与知识，周履靖辑《赤凤髓》；

1584年吴昆著《医方考》；

1591年高濂撰辑《遵生八笺》；

1601年杨继洲著《针灸大成》，王肯堂、吴勉学编著《古今医统正脉全书》。

1608年王肯堂著成《证治准绳》；

1604年龚云林著《小儿推拿秘旨》刊行；

1605年周于蕃著《小儿推拿秘诀》；

1606年陈继儒撰《养生肤语》；

1615年龚廷贤著《寿世保元》；

1617年陈实功著《外科正宗》；

1620年武之望著《济阴纲目》；

1622年繆希雍著《炮炙大法》；

1632年陈司成著《霉疮秘录》；

1636年胡慎柔著《慎柔五书》；

1640年张介宾著《景岳全传》；

1642年吴有性著《温疫论》，创“戾气”说，对温病学的发展有突出贡献。

在中外医学交流中，明朝与日本的医学交往尤为频繁，如：1370年日本竹田昌庆曾医治明太祖皇后的难产，使皇后安全产下一子，被明太祖封为“安国公”；1487年日本田代三喜崇尚李杲、朱丹溪学说，1498年回日后大力倡导李、朱学说，著有《捷术大成印可集》、《福药势剪》、《直指篇》、《医案口诀》等书；1500年日本坂净运学习中医与张仲景学说，先后撰写《新椅方》、《续添鸿宝秘要钞》等书，向日本医界介绍传播张仲景学说；1531年日本曲直满道三在日本创设“启迪院”传授医学，编著《启迪集》，对李、朱学说作了发挥，成为日本医学“后世派”的骨干。不久，在日本医界出现了与“后世派”相对立的“古方派”（仲景学说）的学术争斗。

另外，西方国家的传教士在中国传教过程中，也介绍了一些欧洲的科学文化知识。其中较早且最著名的是意大利天主教士利玛窦、龙华民、艾儒略、汤若望、邓玉函、罗雅谷等，他们先后译述出版了天文、水利、医药等方面书籍多种，如《泰西人身说概》、《人身图说》等书，把欧洲的解剖、生理学知识介绍到我国。受到上述影响，王肯堂也主张正骨科医生需了解人体骨骼方面的知识。

总之，明王朝时期是中医学发展鼎盛时代，中外医学交流次数更频繁，地区更广泛，内容也更丰富，对世界医学和我国医学的发展，都产生了一定的促进作用。

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