随着唐代末期又五代十国政权纷争的结束，中华民族迎来了历史上商品经济、文化教育较为繁荣的朝代——宋代，宋代发展的医政设施较隋唐时期更加精细健全，改变了隋唐时期医政与医教合一的体制，二者分而设之。设立太医署教授医学；设立翰林医官院职掌中央医事政令（公元1082年改为医官局），包括供奉医药及承诏视疗众疾之事。
宋代的太医署已不同隋唐时期的太医署，它不再兼医疗行政，而成为专门医学教育机构。最初的太医署置提举一名，判局二名，全面负责太医局的医学教育，并且规定判局要由懂医术的人充任。当时太医局教学课目有大方脉、小方脉、风、眼、产、针兼灸、金镰兼书禁、疮肿兼折伤、口齿兼咽喉共九科，教师各一人，学生十至一百二十人不等。太医署1076年改名为太医局，1078~1085年医学教学缩编为三科：方脉科、针科、疡科。每年春季进行招生考试，自由参加。公元1103年医学制度改三舍之制（即定期考试，定期升降舍），上舍四十人，内舍六十人，外舍一百二十人。共设博士四人，正录四人，掌管太医局的教学行政。各舍又置长、谕各一人，负责每舍的工作。
学生考试制度也很健全，分私试、公试两种。考试内容有医经大义、五运六气、假令病法（病案分析），根据成绩由“外舍”递升至“内舍”、“上舍”。学生毕业分配亦根据成绩优劣分别录用，艺业精优者分配到尚药局任医师等职，其余分别充任本专业博士、正录，或分配到各州充任医学教授。可见当时领导机构、教学分科、课程设置、考试制度、毕业分配制度等，已初具规模。宋代的医教体制曾有几次大的改革，不如唐代太医署的医学教育长期稳定，但比唐代更为完善健全。当时的地方医学教育开展也较普遍，其体制多仿中央太医局。
医官院最初无固定成员，至公元1038年始有定员编制，设院使四人，副使二人，直院七人，尚药奉御七人，医官三十人，医学四十人，祗候十二人，合计103人。嘉祐二年（公元1057年）定员有所增加，自直院以下，以142人为额。政和二年（公元1112年）医官编制由随武职改为文职，有和安、成和、成安大夫（以上从六品）；成全、保和、保安大夫，翰林良医（以上正七品）；和安、成和、成安、成全、保和、保安郎，翰林医正、医官、医效、医痊（以上从七品）；翰林医愈、医证、医诊、医候（以上从八品）；翰林医学（从九品）。至今北方称大夫，南方称郎中，皆源于此。
政和至宣和二年（公元1111~1120年），医官最多达1096人。宣和三年精减到350人。南渡后，绍兴二年（公元1132年）又进一步精减到43人。翰林医官的选录，建有严格的考试制度，年四十岁以上者方可选试。经过基础理论和各科考试，择优分别录用。除中央外，地方亦设有医官。如元丰六年（公元1083年）各京府设十人，其中小方脉三人；各州七人，其中小方脉二人；县每一万户一人至五人，如三人以上，设小方脉一人。如有缺额，中央派差官到地方考试录补。
宋代的药物管理，亦有专门机构。殿中省设尚药局，有典御、奉御、医师之职，掌管药物的调剂，为国家最高药政管理机关。内侍省设御药院，掌管帝王用药和保管进贡的贵重药品，多由宦官充任。宋神宗时太医局下设“熟药所”，成为我国第一个官办药局。以后增至五所，并设有“修和药所”（炮制药坊），向百姓供应配方与卖药，药品的收购与出卖由政府直接控制。这种机构逐渐遍及诸州，名称也曾改为“惠民局”及“和剂局”。
宋代的医律也相当严格，凡医士违方疗病而取患者财物，依法按盗窃论罪；庸医误治伤害人命者，亦按律绳之。“诸医为人合药及题疏针刺误不如本方杀人者，徒二年半。其故不如本方杀伤人者，以故杀伤论，虽不伤人杖六十。即卖药不如本方杀伤人者，亦如之”。
宋代对古籍的整理工作尤为重视，公元1026年宋政府在全国征集医书、医方，由晁宗悫、王举正等人进行了一番校订和整理。1057年又下令在翰林医官院下设立“校正医书局”，集中了一大批著名的医学家和文献学者，负责对历代重要医籍进行校订、整理、刊行。其中有光禄卿直秘阁掌禹锡，光禄卿直秘阁林亿，国学博士高保衡，尚药奉御丞孙兆，翰林医官秦宗古、朱有章等，先后经历近二十年间，整理刊行了大批医学典籍。我国目前现行本《素问》、《伤寒论》、《金匮要略》、《脉经》、《针灸甲乙经》、《诸病源候论》、《千金要方》、《千金翼方》、《外台秘要》等，都是经过“校正医书局”整理校订流传下来的。
宋代政府另有；在982~992年编撰《太平圣惠方》一百卷，载方16834首；在1107~1151年间编撰几经修改的《太平惠民和剂局方》共十卷，载方788首；在1111~1118年编撰《政和圣济总录》二百卷，载方两万余首；在973年编撰《开宝详定本草》，隔年又修订为《开宝重订本草》二十一卷，共载新旧药物983种；在1057年对《开宝本草》重新修订，名为《嘉祐补注神农本草》，载药至1082种；1061年药物形态学——《图经本草》成书，隔年陈承将《嘉祐本草》与《本草图经》合为一书，名为《重广补注神农本草》。宋朝政府对本草著作的儿次修订编撰，为宋后期唐慎微的《经史证类本草》的编撰奠定了基础。应当指出，宋代医书整理，除政府对此项工作重视外，与当时的科学技术发展是分不开的。尤其印刷术的进步，它有力地促进了这一工作的开展和进行。
到了宋代，随着医学理论及各科目细化的研究蓬勃发展，出现了许多著名的医学家，其中有研究《伤寒论》庞安时、朱肱、许叔微、郭雍等；董汲著《脚气治法总要》专论脚气病；李迅著《集验背疽方》、陈自明著《外科精要》等外科专著；杨子建著《十产论》、陈自明著《妇人大全良方》等妇产科著作；钱乙著《伤寒指微论》、《婴儿论》、《小儿药证直诀》等书，前二者不传，后者乃其弟子阎孝忠根据钱氏诊籍所辑；宋代针灸学也有较大的发展，王执中著《针灸资生经》，王惟一创制两座针灸铜人，著《铜人腧穴针灸图经》，统一了历代纷乱的俞穴，并详细介绍了各穴的部位、主治病证与针刺方法；公元1247年，宋慈著《洗冤集录》四卷，是我国第一部系统完整的法医学专著。宋代历史悠久，名医名著尚有许多，具有代表性的后期再详细论述。
宋代的海路交通发达，促进了对外贸易和文化交流的发展，中外医药交流也达到了一个新阶段。于公元971年在广州置“市舶司”，专门管理对外贸易、据《宋会要》记载，经过市舶司由阿拉伯商人运往欧洲各国的药物有六十多种。宋代与朝鲜、日本、东南亚诸国有医药交流，如当时的交趾国、古城国、安南国、丹眉流国、罗斛国等，都与宋政府有医药交流。
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