从战国至三国的七百多年间，我国医药在实践经验不断积累丰富的基础上，进入了理论总结的阶段。《黄帝内经》的产生，标志着医学理论体系的初步形成；张仲景《伤寒杂病论》的问世，在临床医学上确立了辨证论治的原则；《神农本草经》的成书，是我国药物学第一次系统的总结；扁鹊、淳于意、华佗、张仲景等名医的涌现，在临床医学方面作出了较大的贡献。
从两晋至隋的三百多年间，社会几经变动，战事连连，政局动荡，公元265年，司马炎建立西晋，280年西晋灭吴，中国实现了短暂的统一。不久发生“八王之乱”，又陷入了割据对峙状态。北方分裂成十六国，直到公元386年，北魏政权建立，是谓北朝之始。南方自公元317年，建立东晋。公元420年以后，宋、齐、梁、陈四朝相继建立，是谓南朝。形成南北对峙，阶级矛盾和民族矛盾交叉，政局长期动乱。另一方面，由于边疆少数民族不断地进入中原，在与汉族共同生活和劳动的过程中，逐步实现了民族融合。加之北方人民南迁，把进步的生产技术和文化带到长江流域，促进了南北经济的发展和文化的交流，孕育着进步和新的统一。至公元589年，隋文帝杨坚夺取北周政权统一中国，实现了短暂的统一。
两晋沿袭汉魏医政旧制，仍置太医令，掌管医药行政事务。太医令以下，设太医令丞（或太医令史），均统属于宗正官；至东晋哀帝时，始由宗正改归于门下省。另外，尚设有御医一职。
南朝刘宋时，置太医令一人、丞一人，隶属于侍中（侍中，掌检校御府太官、太医诸署）。此外，仍设御医如晋制。
南齐时，亦置太医令、丞各一人，隶属于度支尚书。仍置御医。
梁时，置太医令一、丞二，其一为藏药丞，为三品勋一位。诸医官均隶属门下省，尚药一官由太医兼职。
陈如梁制，惟太医令下另设有太医正。
北朝医官制度，亦规视南朝。北魏，亦设太医令如南朝，隶属太常；而门下省另有尚药局，置尚药监。又置太医博士，官居八品下；太医助教，官九品中。此外，又有侍御师、尚药典御。
北齐，太常属官有太医令丞。门下省有尚药局，设典御二人、丞二人、侍御师四人、尚药监四人，总统御药事宜。
北周，有太医下大夫、小医上士、医正上士、医正中士、医正下士；医正有医师三百人；又有疡医正、疡医等下士及主药六人。
两晋攘扰一百五十余年间，疫病频发，其医药行政几乎无闻。
自刘宋以至隋文帝灭陈，中间一百六十年，南北分争，而医事中可得称举的约有五、六事记，唯大事记要以北魏为最。
1.救疗民病：由政府供应人民医药、治疗，见于明令施行的，北魏有三次：
①北魏献文帝皇兴四年（公元470年），“以连年水旱之灾，宣告天下，民有病者，所在官司，遣医就家诊视，所需药物，任医量给之”；
②北魏孝文帝太和二十一年（公元497年），“敕司州、洛阳之民，不满六十岁而有废痼之疾，无大功之亲，穷困无以自疗者，皆于别坊遣医救护；给医师四人，予请医药以疗之”；
③北魏宣武帝延昌元年（公元512年），“肆州地震陷裂，死伤甚多，遣太医、折伤医，并给所须之药就治之”。
2.设医馆收容病人：北魏宣武帝永平三年（公元510年），“十月，敕太常于闲敞处别立一馆，使京畿内外疾病之徒，咸令居处，严敕医署，分师疗治，考其能否而行赏罚”。
3.颁布验方：北魏永平三年，时以“经方浩博，卒难穷究，诏王显撰《药方》三十五卷，颁布天下；令郡县备写，布下乡邑，使知救患之术”。
4.严禁剖尸：刘宋时刑律：“凡伤死人者，四岁刑”。
5.不得以生类为药：梁武帝天监十六年（公元517年），“三月，敕太医不得以生类为药”。
6.官办医教学堂：南北朝医学教育，始自刘宋文帝元嘉二十年（公元443年），太医令秦承祖奏置医学以广教授，是南北朝官方置医学之始，也是开启了官办医学教育先河，下至北魏及隋亦沿其制。北魏医教之可考见的，有太医博士，官八品下；太医助教，官九品中。
两晋南北朝时期，名医名著遍地开花，影响较为深远的简列如下，后期再详而论之。
西晋·王叔和，官至晋太医令，对医学上的贡献很大，传于今的有二：①为搜辑整理编次东汉张仲景《伤寒杂病论》，使仲景的辨证施治的理论原则和经方得以传于后世。②为著《脉经》十卷，为我国现存脉学第一专书。
晋·皇甫谧（公元215～282），依据《素问》、《针经》、《明堂孔穴针灸治要》三书的基本内容，将它们加以整理成一部全面总结晋代以前针灸临床经验，并有所发挥，是我国现存最早和最系统的针灸学专书。
晋·葛洪（公元284～363），号抱朴子，对术数、老庄诸学，无所不通。著有《抱朴子》内、外篇，《金匮药方》一百卷，《玉函煎方》十卷以及面向贫苦大众的“应急验方集”——《肘后救卒方》，具有“简、便、廉、验”诸特点，影响很大。
南朝·陶宏景，（公元456～536），自号华阳隐居。梁武帝每遇国有大事，必前去询教，时称山中宰相。贡献有三个方面：一是“炼丹术”，曾著有《合丹法式》等书，可惜亡佚无考。二是增补《肘后救卒方》。三是《本草经集注》。
刘宋·雷敩（公元420～479），其里居、行迹尚不明确，雷氏对药物炮制多有研究，撰《雷公炮炙论》三卷，原书已佚，其中大量内容被收入《证类本草》，今有多种辑佚本刊世，为我国第一部炮制学专书，对后世药物炮制方法及其理论的继承发展产生了很大的影响。
此外，尚有晋·濮阳太守徐熙始为首的“徐氏家族”；刘宋之胡洽、羊欣、秦承祖、王微、范晔、程天祚、刘彧等；南齐之全元起、徐玉、褚澄、刘休、刘涓子、李密等；梁之徐奘等；陈之姚最；北魏之崔浩、李修、王显等；北齐之马嗣明等；北周之姚僧垣、褚该等；僧门医则以刘宋之慧义，宋齐间之深师、支法存为最，等等。
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