乾隆二十四年大小和卓叛乱平定，天山南麓重新纳入中国版图，乾隆帝设伊犁将军统辖新疆北部，设总理回疆事务参赞大臣管理回部，设乌鲁木齐都统管理新疆东部，这就是清代新疆的“军府制”。
清代新疆地区的管理制度十分复杂，可能有不少读者难以理解。御史反其道而行之，借助内地省份的督抚制，对新疆的管理体制加以介绍。
一、新疆建省之前的行政区划新疆地域辽阔，面积是大致相当于内地四五个省，以天山为界划为北疆和南疆，且民族成分复杂，有回族、蒙古族以及内地汉族移民。
乾隆统一新疆后，就有不少大臣建议效内地之制，在新疆建省，但是乾隆帝认为新疆与内地“体制不符”，须因地制宜以满洲大员驻守。乾隆二十七年，正式设立了总管伊犁等处将军，简称“伊犁将军”，统辖全疆军政、民政事务。
不过新疆行政区划却不单单是南北二路，在新疆东部地区，又单独划出一个行政区域，以乌鲁木齐都统为最高长官。也就是说，乾隆朝新疆被分为北、南、东三个行政大区。
为了便于理解，可以将新疆实视为一个行政大区，下设北省、南省和东省。
二、以伊犁将军为新疆总督在全国的驻防将军中，伊犁将军统辖的地域最辽阔，同时伊犁又与沙俄有漫长的边境线，国防地位十分重要。所以，为了提升伊犁将军的地位，将其品秩定位正一品。
伊犁将军的办事机构为“伊犁将军府”，办公地点初设绥定城，乾隆二十九年迁至惠远城，城内驻扎有满营官兵五千余人。
新疆正式建省之前，惠远城一直是新疆的军事、政治、经济、文化中心。惠远城建成之后，又在它的周围先后修筑了塔勒奇、绥定、广仁、瞻德、拱宸、熙春、惠宁、宁远八城，连同惠远，就是历史上著名的“伊犁九城”。
与内地省份相比较，伊犁就是新疆的省城，惠远城就是省府，伊犁将军府就是总督府。乾隆皇帝在给伊犁将军职掌的谕旨中，明确指出：
“查各处驻防将军，其职掌大略相同。惟新疆当戡定之初，一切管辖地方调遣官兵，自应酌定成规。伊犁为新疆之总汇，既经设立将军，凡乌鲁木齐、巴里坤所有满洲、索伦、察哈尔、绿营官兵，皆廷将军总统调遣，亦归将军兼管。其他地方事务有各处驻扎大臣照旧办理。在叶尔羌、喀什噶尔等回城皆在边陲，如有应调伊犁官兵之处，亦准各处大臣咨商将军就近调拨。”
与总督权限相比，伊犁将军的军事职能更强，但是伊犁将军除了军政之外，在经济、民政、司法等事务上，也有很高的权限。
三、以塔城参赞大臣、喀什参赞大臣、乌鲁木齐都统为巡抚新疆北路行政区中，还设有驻扎塔城的参赞大臣，这个岗位才是真正具体管理北路各城民政的。
参赞大臣不是一个正式的职官，属于皇帝委派的差遣大臣，一般只出现在边疆地区。参赞大臣例加副都统衔，秩正二品，与内地的巡抚同级。
新疆三个政区的最高民政长官，北路为塔城参赞大臣（全称为塔尔巴哈台参赞大臣），南路为喀什参赞大臣（全称为总理回疆事务参赞大臣，道光十一年移驻叶尔羌，称为叶尔羌参赞大臣），东路为乌鲁木齐都统。
参赞大臣之下设领队大臣、协办大臣，各级大臣负责统率各地驻防清军，监督管理各地政权。北路各级大臣受伊犁、塔城参赞大臣节制；南路各级大臣受喀什参赞大臣节制；东路各级大臣受乌鲁木齐都统节制。
各城之驻防大臣，类似于内地的道府一级，直接向参赞大臣负责。东路行政区，由于内地移居屯田的汉民较多，所以实行的是道、府、州县的行政管理体系。
需要说明的是，南路回疆地区的事务最繁。清廷统一天山南北以后，为了表示对边疆少数民族首领的恩宠与厚爱，在当地实行伯克制，当地的部落首领皆被授予“伯克”，并有管理本部落事务的权力，参赞大臣的权力在很多方面还受到一些限制。
四、伊犁将军也非说一不二伊犁将军作为清政府在新疆的最高代表，总揽全疆的各项军政事务。然而，对于清廷来说，伊犁将军地处边陲，中央难以遥制，皇帝不可能将所有权力集于伊犁将军一身。
伊犁将军的节制权并不彻底，比如喀什噶尔参赞大臣在通常情况下，可以自行处理回疆事务而不必向伊犁将军汇报。只有在重大事件发生时，才必须会商伊犁将军。
对乌鲁木齐都统的节制权相对就更小了，乾隆晚年乌鲁木齐都统在军务管理上的独立性日趋增强，并有单独上奏的权力，遇重要军政要务，乌鲁木齐都统首先要向陕甘总督汇报，再由陕甘总督奏闻皇帝。
对于日常的繁杂军务，则形式上通知伊犁将军。军府制统治后期，乌鲁木齐都统管辖地方军政和民政于一身，施政职权进一步扩大，伊犁将军的职权则随之缩小，甚至可以说权力仅被限制在北路行政区。
以上是御史借助内地省份督抚制，对新疆军府制的一种另类解释，只是个人观点，不具备参考性。
