南北战争爆发后，交战双方进行了一些试探性的战斗，这种局面一直持续到马纳萨斯之战打响。1861年7月21日，在北方民众迫不及待的要求下，林肯强令麦克道尔将军前进，开始进攻马纳萨斯，参加这次战役的北方军队有35000人，由欧文•麦克道尔将军指挥。

起初北方军队占据优势，博雷加德的部队几乎招架不住，但是驻守温彻斯特的约翰斯顿率兵前来支援，北方军在撤退过程中大败。

经过这场战役，联邦军队共死伤1584人，1312人被俘，南方军共1982人死伤或失踪。这场战役的溃败，暴露出北方军缺乏军事准备，士兵服役期短及缺乏训练的问题。

而后发生的夏洛伊之战和七天战役中，尽管联邦军队都取得了一定的胜利，但是却始终无法将优势转化为胜势，并且在消耗南方大量兵力的同时，自身也付出了惨重的人员伤亡。

随着时间的不断推进，战争也不断深入，双方陷入僵持状态，开始了长时间的拉锯战。9月17日，麦克拉伦的军队在关键的安提坦战役中，与李的部队相持了两天，双方死伤超过24000人，南方军阵亡13000多人。

最终，麦克拉伦击退了李的南方军，但是在大好形势下他却下令禁止部队继续追击，让李的部队顺利逃脱得到喘息的机会。他的这一命令使得手下的士兵们、北方民众及林肯本人都十分气愤，一时间舆论对麦克拉伦的口诛笔伐不断。战争也逐步陷入僵持不下的局面。

一场场残酷的战役使得联邦军队出现了大面积减员，在贻误一次又一次战机之后，联邦军队开始出现兵源不足的情况，后勤保障也开始出现问题，大量白人开始怀疑联邦政府并且拒绝参军，正面战场上一时间无法取得突破。

林肯信任的麦克拉伦一次次作出各种愚昧决策，既打击了北方军队的士气，更使得林肯及联邦政府的战争策略饱受民众的质疑。广大民众纷纷呼吁政府废除奴隶制度，解放黑人奴隶，并将他们纳入联邦军队之中，以取得这场战争的胜利。

林肯在战争伊始并不想触动奴隶制和解放奴隶，而只是想要维护联邦的统一，他以为这场战争可以速战速决，使南方重新回归联邦。然而随着战争的进行，除了正面战场的军事压力，来自北方民众的舆论压力、军队内部对黑人的同情以及英法等国态度的转变，都使得林肯开始反思战争与奴隶制的问题。

联邦政府进行内战的目的从一开始就很明确：维护联邦统一。废除奴隶制和解放奴隶并不是他们所追求的目标，因此他们一直在回避这个问题。然而随着战事的日渐深入，社会舆论要求解放黑人的呼声日渐强大，废奴主义者们更是不遗余力要求政府，废除奴隶制解放奴隶。

从内战爆发林肯发布征兵令时起，北方自由黑人就一次次请愿协助联邦军队作战，然而联邦政府却一次次拒绝并解散黑人武装。政府声称联邦军队可以很快结束这场战争，然而到了1862年夏天，北方却面临了重大危机。麦克拉伦在半岛战役的失利使得华盛顿失去屏障，一时间形势万分紧急。

此时北方出现了声势浩大的群众运动，各地人民不约而同发出呼声，群众的请愿书也纷至沓来，报纸上刊登的也都是群众要求解放黑人奴隶的信。废奴主义者道格拉斯也多次给林肯写信，要求解放奴隶。社会舆论给了林肯及联邦政府造成了极大的压力。

除了北方民众的强烈呼声，联邦军队中也出现了大量要求解放奴隶的请愿。起初，在北方士兵中弥漫着强烈的种族情绪，尽管有些人参军是为了反对奴隶制，但是绝大多数的北方人是为了恢复联邦而战，而并非解放黑人。

然而，不管北方参战人的初衷，随着时间的推移和战争形势的发展，战争逐渐把南方白人当做了敌人，而南方黑人成为了北方潜在的同盟者，北方士兵的观念开始发生转变：解放奴隶虽然不算是正义行动，至少也是战争需要。由于军官们和士兵们直接面对战争，也是最初接触到南方逃奴的人。

战争期间南方逃跑的奴隶将北方军队当做救星，奴隶们为北方军队提供食物，帮助他们找到奴隶主藏匿在庄园中的财宝，或者充当向导、密探和侦查员。奴隶们会为逃跑的北方俘虏提供庇护所。

奴隶们的友善行为，逐渐改变了北方军队对奴隶的态度。俄亥俄州一个团的士兵募集捐款，将一名有前途的逃亡奴隶送到奥柏林学院，其他获得自由的黑人奴隶也都得到了类似的帮助。

林肯在内战爆发之初，仍坚持执行《逃亡奴隶法》，他三令五申指示战场上的军官，把逃亡奴隶归还给原来的主人。

联邦军队的广大士兵对此事感到十分愤慨，许多士兵拒绝为联邦作战以抗议政府在奴隶制问题上的立场。中下级军官也对逃亡奴隶深表同情，一些将领基于军事上的需要，大胆采取了收容逃亡奴隶并宣布解放他们的措施。

与此同时，国际形势也逐渐对联邦政府不利。1862年夏，英国政府已经准备承认南部同盟为独立国家，这对于林肯政府来说无疑是不想看到的结果，因为一旦英法等欧洲国家承认南部同盟，势必会对其提供援助，从而大大增强南部的军事经济实力，也会使得联邦政府陷入被包夹的危险之中。

国内外形势给林肯带来的巨大压力，使得他清醒认识到解放奴隶的必要性，并促使他终下定决心要解放奴隶，赢得战争，维护联邦的统一。