甲午战败后，激进的维新派认为对旧制度的修修补补，已不能解决日益激化的社会矛盾，他们不断思考更为根本的解决办法。人们认识到变法需要有新的人才，才能运行新的法度政治；需要有新的教育，才能培养此项人才。所以人们逐渐把变法与兴学相连，认为变法的本就是兴学，人们把强国的注意力遂转向了兴学。

为了鼓励学生入新式学堂中求学，清政府一方面对科举制度进行大力改革。戊戌变法时期光绪帝实行了一系列科举制度的改革，如废八股、改策论、开设经济特科等。特别是开设经济特科的改革，对新学堂的兴起以及旧学风的改变，起到了一定的促进作用。因此围绕科举考试的书院教学内容，也不得不趋重科学知识，这样就减少了书院改成学堂的阻力。

另一方面，清政府实行一些新的奖掖措施。清政府规定学堂中的学生，不需要通过严格的科举考试，就可以按照其所习专业和成绩，颁给一定的功名，这就大大降低了只有在书院中通过学习八股、制艺而搏得功名的传统价值观念的影响力。京师同文馆规定学生每届三年，期满由总理衙门考试，并由吏部注册。

上海、广东两处同文馆的优秀毕业生徒，也可得到同样的官衔。其它军事武备学堂及技术学堂的毕业生徒，则由行业系统授衔。当时新式学堂的毕业生一般都有比较好的出路。京师同文馆学生不仅有许多人充任了外交官，学子不必经由科举也可跻身于仕途，或谋到其它好的职业，这就更加吸引了许多人就读于学堂，而不愿去书院了。

在戊戌变法期间，改革整个教育体制是变法的重要内容。随着维新变法的推进，书院改学堂的法令第一次正式在全国推行。书院改制上谕颁布以后，在一些开风气较早的大书院，开始按照学堂的方式进行改革。江苏学政瞿鸿玑即，将南菁书院和江苏其它书院改为学堂，当时全国书院改制最有成效的则是、张之洞对湖北省的书院改制。

在全国进行书院改制的时候，张之洞受其自身的办学经历和他人的影响，对书院改成学堂的认识也逐渐加深。张之洞自身办学经历，使其对书院改制的认识加深。张之洞虽然曾一度积极创建书院，但在创办书院的过程中，他越来越发现难以剔除书院自身的弊端。书院已不是学生进德修业的场所，而成为学生结党营私、嬉戏游玩的地方。

尤其是当时书院为了保障学生安心求学，按等级配给不同的膏火，但往往有人为了膏火而来。纵使这样，书院已很难消除自身的腐败。张之洞提出把书院改成学堂，还希望消除书院的学究之气，一直以来，特别是一些省城大书院往往集中了当地优秀的人才，但他们依然抱着君子喻于义，小人喻于利，不计其利，不计其功的信条不放，不屑于技艺层面的学习。

张之洞曾在两湖书院开设军事体操等课，为此还专门发给学生短衣短裤，开始早操时，年纪较大的学生表示反对，认为着短装，有失文人体面，因此书院也不得不停止他们体操。为着自己文人的风雅虚仪，书院学生竟全然不顾国难当头时的权衡变通。

张之洞也曾试着采取书院和学堂共存的办法，但结果显示：采取学堂形式，新式教育得到了很大发展；而采取书院形式，新式教育则显得非常滞后。湖北自强学堂，便可以看作书院与学堂比较的试验地。早在两湖书院建院之初，由于茶商的捐助，特意设四十个名额代为培养茶商子弟。

但随着茶价的下跌，特别是茶商意在利而不在科名，认为在书院所学非所用，所以茶商要求停止对两湖书院的捐助。张之洞自身的办学经历，使他认识到了学堂的优势和书院改制的必要性，同时，他人对他的影响也很大，其中他的幕僚对他产生的影响尤为显著。

张之洞的幕府是继曾国藩幕府之后为兴盛的幕府，他们大多是学有专长的名士，其中许多人对中国近代产生了重大影响。张之洞幕府中还不乏外国人，且大部分是学堂教习。可见张之洞的幕府是一个庞大的中西合流、新旧交融的知识群体。从这个幕僚群体中，张之洞吸取了不少教育改革和书院改制的建言。

梁启超建议两湖书院培养各种近代政治人才，而非培养固守祖宗成法的酸儒。随着列强在中国侵占日久，洋务事宜越来越多，特别是教案纷起，国人与洋人之间的关系已到了箭拔弩张的地步，而处理这些外交事务和洋务事情，尤须懂得各国民风、民俗及国际法。

而从书院培养出来的中国旧式官员，却只会用旧有的儒家知识和规则，来处理一切事情，不知如何与外国人打交道，不是一味媚外就是一味排外，这势必造成处理不当，加深中外的矛盾和怨恨。

张之洞虽然没有遽然接受将两湖书院的教学内容、改成西方政治学院所开设的内容，但梁启超的这种建议却很符合他的制夷思想，这也加深了张之洞对书院改制的认识。总之，由于自身的办学经历及他人的影响，张之洞认识到仅仅对书院进行改革还不能消除积弊，要使书院符合时代要求，就必须改制。