东西二晋其实存在“二个”晋太祖，一个是公元266年，司马炎建立（西）晋朝，追封其父司马昭为晋太祖（太庙中虚位）；另一个是东晋晋安帝司马德宗义熙九年（公元413年），执政的刘裕同大司马琅琊王司马德文确立了宣帝司马懿的太祖之位。

东晋为什么这样做，看晋朝君王世系图就明白。

东西二晋的“起点”是司马懿，如果以司马懿的儿子为“太祖”，则其它兄弟为庶支，也就是说东晋所有君主都没资格做皇帝，这是东晋不能接受的，所以要改“太祖”。

至于为什么到末代皇帝时才改，这就涉及二晋相对混乱的太庙制度。

西汉的刘邦起于草莽，其部下多是亡命无赖之徒，这群人根本不懂礼法，因此初期的宗庙制度就仅仅依靠少数文化程度较高的文官推动执行。

《礼记》中有说法；“天子七庙，三昭三穆，与大祖之庙而七。诸侯五庙，二昭二穆，与大祖之庙而五。大夫三庙，一昭一穆 ，与大祖之庙而三。士一庙。庶人祭于寝。”

西汉最初的“天子七庙”确实是七座皇帝庙，每死一个皇帝就单独为他建一座庙，而且还在生前建在城内，类似另一种意义上的墓。

到汉文帝时，长安城内已有三座庙，太上皇庙，高祖庙和惠帝庙。当时的长安城不大，再加上这些庙规模很大，很占地方，汉文帝在位时改变了旧有的设置方式，不在都城内设宗庙。白此以后，西汉皇帝都把庙设于各自的陵旁，这样陵寝与庙之间虽然相距甚近，却还是有严格的区别．形成所谓的陵庙模式。

到东汉时，又出现了问题。

因为东汉的都城在洛阳，而西汉的都城是长安，且西汉皇帝的“庙”全在其“陵”旁。东汉的皇帝又认为自己是西汉的后代，有正统性，所以为了“正统性”，东汉皇帝必须定时去一趟长安，再去祭祀十一个皇陵。

光武帝没什么问题，毕竟是开国皇帝，勤劳一些没问题，但问题是东汉第二个皇帝汉明帝，明帝不想跑十一遍皇庙。

于是汉明帝将长安汉高祖的高庙迁到洛阳，再将众西汉皇帝的神位摆在“高庙”内，分室摆放，这样就可大大节省时间，拜刘邦的同时，也顺便祭祀其它西汉皇帝。

又为证明东汉与西汉并列，将刘秀与高祖刘邦摆在“开国受命之祖”的位置上，就在高庙的一边新建光武帝的庙，为世祖庙。东汉皇帝死后也不必再建新庙，再都住进世祖庙里就行。

这就同堂异室之制就为后世朝代所沿袭。

魏嘉平二年(250年)，司马氏在洛阳建立了自己的宗庙，即卿大夫的三庙。

魏元帝景元四年(263年)，司马昭进爵为晋公，次年又进爵为王，司马氏宗庙庙数应随之增加至五庙。这五人如下图；

到这里司马家还比较正常，但其“太祖”之位空着。

因为司马炎代魏建立晋朝后．他想尊自己的父亲司马昭为“太祖”。

这就有问题了，因为“太祖”是太庙中的“起点”，在太庙神位中太祖之前是不会有其它人的神位的。司马炎想让司马昭当太祖，就必须将前面五人给“踢”了。

但是，太庙神位的迁出迁入是有制度的，理论上进一个才能踢一个，想让豫章府君司马量迁出，就必须补充一个进去，而下一个进去的人是司马炎自己。

司马炎知道自己生前不能尊其父司马昭为太祖，就做了二手准备，一是不确定“太祖”，因为“太祖”是不祧的，二是叮嘱子孙，记着到司马昭时，将它正式确立为“太祖”。

司马炎称帝后，确立了“七庙”，《晋书》记载；

于是追祭征西将军、豫章府君、颖川府君，京兆府君，与宣皇帝，景皇帝、文皇帝为三昭三穆．是时宣皇未升，太祖虚位，所以祠六世，与景帝为七庙，其礼则据王肃说也。

景帝司马师能入太庙，不仅是由于他是宣帝的嫡子，还在于他在晋国建立过程中的重要作用。当时由于晋文帝之子、武帝同母弟司马攸过继给了司马师，从而导致文帝武帝即皇帝位时屡屡出现争端可以看出，景帝司马师虽然已不在人世，可他在当时的权力结构中还具有很大的影响力。

然后西晋是灭亡了。

公元317年，愍帝被掳后，司马睿在世家大族的支持下，在江左建康即晋王位，年号建武。晋元帝为帝后，建立太庙。

因晋元帝曾在惠帝、怀帝、愍帝三朝为臣，部下中多为从西晋过来的大臣，所以元帝死后，还是被安排在愍帝之下（虽然元帝比愍帝高一辈，但二者有臣子关系）。

及元帝崩，则豫章复迁．然元帝神位犹在愍帝之下，故有坎宣者十也。

本来按照父死子继、兄终弟继的方式，辈分是可以慢慢降的，如此这般，则太庙中的皇帝神位不存在“祔庙”形式。

比如晋穆帝时有太庙神位排序如下；

因晋穆帝辈分较小，之前的皇帝不是平辈就是长辈，所以没能“祔庙”的需要。但到晋简文帝时，又不一样了。

晋简文帝是晋元帝的少子，所以辈分低的皇帝又成“祔庙”了（包括其兄晋明帝，这另有原因），又得将颖川、京兆二位祖先迁入。

再看东晋皇帝世系，其继承顺序相当乱，这也就造成了每有皇帝上位，太庙里的神位必得大动，相当麻烦。

而这一切的原因，就是“太祖”之位空虚，没有坐标原点，还必须保证“天子七庙”满员，就得辛苦祖先们了。

于是，在晋安帝司马德宗义熙九年公元413年，琅琊王司马德文主张：太祖之位虚位已久，今宗庙神主中以宣帝司马懿为首，且宣帝文德武功、开宗奠基之功．宜将宣帝升为太祖，万世不毁。

与此同时，将司马懿之前的四位祖先迁出西祧，建立别室，永藏不祀。

朝廷同意了，晋朝太庙神位的顺序如下；

经过二百余年的纠结，司马懿终于坐稳晋太祖之位。